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Nanoporetech

 

納米孔測序數(shù)據(jù)分析解決方案

納米孔測序具有許多顯著優(yōu)勢，可以根據(jù)您的要求定制測序過程：

 

實(shí)時(shí)堿基檢出，可立即訪問結(jié)果

獲得足夠數(shù)據(jù)后立即停止測序

停止、清洗和重復(fù)使用流通池

使用 Guppy 進(jìn)行板載堿基識別意味著既不需要本地基礎(chǔ)設(shè)施也不需要穩(wěn)定的互聯(lián)網(wǎng)連接

納米孔測序分析工作流程簡單易行：從原始數(shù)據(jù)采集到分析完成和實(shí)驗(yàn)解釋的五個(gè)步驟。從數(shù)據(jù)采集開始的那一刻起，就可以實(shí)時(shí)進(jìn)行分析。如本頁所述，Oxford Nanopore 在每個(gè)階段都提供解決方案，滿足所有用戶需求、應(yīng)用和生物信息學(xué)專業(yè)知識水平。

 

 

 

顯示納米孔測序工作流程概述的圖表

 

使用 MinKNOW 進(jìn)行原始數(shù)據(jù)采集

MinKNOW 是驅(qū)動納米孔測序設(shè)備的操作軟件，執(zhí)行多項(xiàng)核心任務(wù)，包括數(shù)據(jù)采集、實(shí)時(shí)分析和運(yùn)行反饋、本地堿基調(diào)用和數(shù)據(jù)流。自適應(yīng)采樣也被納入 MinKNOW；這是一種新的靶向測序方法，不需要額外的文庫準(zhǔn)備——軟件本身實(shí)時(shí)拒絕或接受感興趣的區(qū)域。

 

MinKNOW 根據(jù)您的喜好生成 FAST5 (HDF5) 文件和/或 FASTQ 文件。FAST5 文件包含可用于堿基識別和識別堿基修飾（例如甲基化）的原始信號數(shù)據(jù)。

 

堿基調(diào)用和原始數(shù)據(jù)分析

堿基識別可以定義為將通過納米孔的 DNA 或 RNA 鏈產(chǎn)生的電信號轉(zhuǎn)換為鏈的相應(yīng)堿基序列的過程。

 

有多種堿基調(diào)用工具可供選擇，其中一些得到*支持，一些正在開發(fā)中。Guppy 是前者的一個(gè)例子，它是一個(gè)數(shù)據(jù)處理工具包，其中包含 Oxford Nanopore 的堿基調(diào)用算法和幾個(gè)生物信息學(xué)后處理功能，例如條形碼/解復(fù)用、適配器修剪和對齊。Guppy 工具包還從原始信號數(shù)據(jù)執(zhí)行修改后的堿基檢出（5mC、6mA 和 CpG），生成額外的 FAST5 修改后的堿基概率文件。Guppy 已集成到 MinKNOW 中，也可作為獨(dú)立版本使用。

 

Oxford Nanopore 的 GitHub 上提供了諸如 Bonito 之類的研究 basecaller，為用戶提供了訪問當(dāng)前正在開發(fā)的最新、高性能算法的權(quán)限。

 

向前分析

一系列方法可用于納米孔測序數(shù)據(jù)的下游分析，以滿足生物信息學(xué)專業(yè)知識的所有要求和水平。

 

Oxford Nanopore 提供EPI2ME，這是一個(gè)基于云的分析平臺，提供實(shí)時(shí)分析工作流程，無需命令行經(jīng)驗(yàn)。EPI2ME 實(shí)驗(yàn)室教程以教程格式提供運(yùn)行后分析工作流程，旨在培養(yǎng)納米孔序列數(shù)據(jù)分析和探索的技能和信心。EPI2ME Labs Workflows自動化教程數(shù)據(jù)流，以實(shí)現(xiàn)高通量和更“不干涉"的序列分析。納米孔測序設(shè)備的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)輸出還可用于牛津納米孔團(tuán)隊(duì)不斷開發(fā)和發(fā)布的各種研究軟件。最后，一系列社區(qū)開發(fā)的工具可用，由用戶社區(qū)開發(fā)，用于各種研究應(yīng)用。

 

 

 

加入社區(qū) 出版物

我應(yīng)該使用哪種分析方法？

    EPI2ME EPI2ME 實(shí)驗(yàn)室教程 EPI2ME 實(shí)驗(yàn)室工作流程    社區(qū)開發(fā)的工具    研究軟件和定制分析

需要生物信息學(xué)能力   不需要生物信息學(xué)能力 需要生物信息學(xué)能力   需要相當(dāng)高水平的生物信息學(xué)能力  需要相當(dāng)高水平的生物信息學(xué)能力 需要高水平的生物信息學(xué)能力

如何   使用基于云的 EPI2ME 平臺進(jìn)行實(shí)時(shí)分析工作流程。    使用 EPI2ME Labs 進(jìn)行本地、運(yùn)行后分析和數(shù)據(jù)探索。    通過簡化的自動化 Nextflow 工作流程訪問 EPI2ME 實(shí)驗(yàn)室教程。 運(yùn)行由 Nanopore 社區(qū)編寫和開發(fā)的開源工具。    訪問 Oxford Nanopore 的最新研究算法

在哪里 EPI2ME 儀表板 EPI2ME 實(shí)驗(yàn)室教程 EPI2ME 實(shí)驗(yàn)室工作流程   社區(qū)開發(fā)的工具    牛津納米孔 GitHub此鏈接需要 Nanopore Community 訪問權(quán)限。

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EPI2ME：實(shí)時(shí)分析工作流程

EPI2ME 實(shí)驗(yàn)室教程：指導(dǎo)的生物信息學(xué)工作流程

EPI2ME 實(shí)驗(yàn)室工作流程：簡化的自動化分析

社區(qū)開發(fā)的工具

研究軟件：最新算法

“我的鍋里有什么？"的截圖  工作流程

EPI2ME：實(shí)時(shí)分析工作流程

EPI2ME 是一個(gè)基于云的數(shù)據(jù)分析平臺，可輕松訪問多個(gè)工作流程，以實(shí)時(shí)對納米孔數(shù)據(jù)進(jìn)行端到端分析。直觀的圖形界面有助于解釋單個(gè)或多個(gè)條形碼樣本。完整的 QC 指標(biāo)提供有關(guān)運(yùn)行性能的反饋，包括讀取次數(shù)、讀取長度分布和質(zhì)量分?jǐn)?shù)。

 

下表描述了 EPI2ME 平臺上提供的分析工作流程。有關(guān)每個(gè)工作流程的更詳細(xì)說明和教程視頻，請點(diǎn)擊“分析工作流程"鏈接。

 

微生物分類

分析工作流程  描述

我的鍋里有什么（FASTQ WIMP）    基于離心機(jī)分類引擎的執(zhí)行，對真菌、細(xì)菌、病毒或古細(xì)菌進(jìn)行快速物種識別。輸出：實(shí)時(shí)構(gòu)建分類樹。觀看 WIMP 視頻

FASTQ WIMP – 人類 + 病毒   快速、實(shí)時(shí)的生物識別：類似于 FASTQ WIMP，但使用僅限于人類基因組和完整病毒基因組序列的數(shù)據(jù)庫 (NCBI RefSeq)。輸出：實(shí)時(shí)構(gòu)建分類樹。觀看 WIMP 視頻

16S分類學(xué)分類 使用16S rRNA基因在屬水平上實(shí)時(shí)鑒定細(xì)菌和古生菌；通過納米孔長讀長，實(shí)現(xiàn)了全長 16S rRNA 基因的測序。實(shí)驗(yàn)工作流程涉及生物樣品的 16S 基因擴(kuò)增和納米孔測序。16S 快速測序試劑盒可在納米孔商店購買。輸出：分類報(bào)告，包括分析的讀數(shù)數(shù)量及其分類。觀看 16S 視頻

ARMA - 抗菌素耐藥性  綜合分析個(gè)體和宏基因組樣本中的抗菌素耐藥性 (AMR)。ARMA 工作流程通過與 CARD 數(shù)據(jù)庫集成的 ARMA 使用 WIMP 物種鑒定和 AMR 鑒定，從 FASTQ 數(shù)據(jù)中識別出導(dǎo)致抗生素耐藥性的基因。輸出：報(bào)告詳細(xì)說明發(fā)現(xiàn)的抗性基因和基因概述（覆蓋深度、比對細(xì)節(jié)以及來自 CARD 數(shù)據(jù)庫的特定基因的抗性概況）。觀看 ARMA 視頻

FASTQ ARTIC + Nextclade  基于ARTIC FieldBioinformatics 軟件生產(chǎn)高質(zhì)量的 SARS-CoV-2 共有序列。使用Nextclade 軟件評估共有序列，以可視化遺傳變異和進(jìn)化枝分配。輸出：共識序列 FASTA 文件和 Nextclade 報(bào)告。

人類基因組分析

人類外顯子組  *的外顯子組比對和分析。可用于多種分析，包括擴(kuò)增子測序、序列捕獲和序列富集。使用 minimap2 對齊器將讀取與人類外顯子組對齊。輸出：報(bào)告提供測序和比對指標(biāo)，按基因列出。

FASTQ SV 調(diào)用者   一鍵分析人類全基因組數(shù)據(jù)集與參考基因組中的結(jié)構(gòu)變異（缺失、插入和重復(fù)）。輸出：報(bào)告提供可搜索的變體列表及其基因組位置，以及結(jié)果的 VCF 文件。觀看 SV 來電視頻

結(jié)盟

人類比對 GRCh38   使用 minimap2 對 GRCh38 人類參考進(jìn)行實(shí)時(shí) FASTQ 比對。輸出：比對報(bào)告顯示每條染色體的覆蓋深度和比對的準(zhǔn)確性。

FASTA 參考上傳    自定義參考 FASTA 文件上傳到 EPI2ME，以便使用自定義對齊工作流程進(jìn)行后續(xù)讀取對齊。輸出：對齊成功報(bào)告。

FASTQ 自定義對齊  通過上傳和對齊自定義 FASTA 參考，無需復(fù)雜的生物信息學(xué)管道，即可根據(jù)您的特定要求定制測序分析。使用 minimap2 對齊器將讀取與上傳的自定義 FASTA 參考對齊輸出：報(bào)告說明對齊成功，包括參考的覆蓋深度、對齊精度和每個(gè)條形碼分析的讀取數(shù)。

質(zhì)量控制和原始數(shù)據(jù)處理

條形碼 測序數(shù)據(jù)中條形碼的多路分解；條形碼選項(xiàng)可以在其他工作流程中選擇，例如 WIMP 或人類外顯子組。輸出：在各個(gè)子文件夾中返回的多路分解讀取；還會生成條形碼報(bào)告，包括每個(gè)條形碼的讀取次數(shù)。

FASTQ DNA 對照實(shí)驗(yàn)   DNA 質(zhì)量控制。建議在對您自己的樣品進(jìn)行測序之前運(yùn)行 Lambda 對照實(shí)驗(yàn)以試用您的納米孔測序平臺。輸出：報(bào)告詳細(xì)的序列長度、準(zhǔn)確性、質(zhì)量得分和生成的數(shù)據(jù)量。

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登錄或注冊以繼續(xù)。FASTQ RNA 對照實(shí)驗(yàn)   RNA 質(zhì)量控制。建議在對您自己的樣本進(jìn)行測序之前，進(jìn)行 RNA 對照實(shí)驗(yàn)以試用您的納米孔測序平臺。輸出：報(bào)告詳細(xì)的序列長度、準(zhǔn)確性、質(zhì)量得分和生成的數(shù)據(jù)量。

連接測試   檢查以確保 EPI2ME 基于云的分析正常運(yùn)行，并且可以上傳和下載 base called 讀數(shù)。輸出：確認(rèn)讀取上傳和下載成功。

網(wǎng)頁

EPI2ME 平臺（需要社區(qū)訪問）

技術(shù)文件

EPI2ME、EPI2ME 產(chǎn)品和工作流程簡介（需要社區(qū)訪問）

海報(bào)

我的鍋里有什么？(WIMP)，一種用于實(shí)時(shí)物種識別的定量分析工具

協(xié)議

EPI2ME使用詳細(xì)說明（需要社區(qū)訪問）

 

 

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其他的這些是菌株

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