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DNA實驗技術:原位雜交實驗要求及步驟2

2013-8-6  閱讀(2271)

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三、操作步驟

(一)取材、冰凍切片:

將動物以3%戊巴比妥鈉麻醉,打開胸腔,暴露心臟,刺破右心耳,將針尖刺入左心室用生理鹽水灌注(灌注量約為動物體重的2倍),再注入等量的4%多聚甲醛。(見圖2-7)。取材,置于4%多聚甲醛中后固定4hr。以0.1M PBS浸泡沖洗4-5次(換液:1次/hr)。將組織塊入30%蔗糖/0.1M PBS液(4℃),1-2天后冰凍切片,將切片裱貼于原位雜交玻片上,切片厚度為15-20μm。

(二)探針制備與檢測(定量):

1.  隨機引物制備cDNA核酸探針以DIG DNA 標記檢測試劑盒為例:

(1)探針制備:

①模板DNA(0.5-3 μg) 15 μl,100℃變性10 min,冰浴5 min。

②在冰浴中加:Hexanucleotide mix 2 μl, dNTPmix 2 μl,Klenow Enzyme 1 μl,反應總體積為20 μl。37℃孵育。

③在上述20 μl 的標記產物中加4 M LiCl 2.5 μl,75 μl(無水乙醇預冷,輕輕混勻,-20℃放置 2 hr。4℃離心12 000 g×15 min,棄上清。70%乙醇(預冷) 50 μl 洗滌,7 500 g×5 min,棄上清,晾干沉淀,加TE 50 μl 溶解沉淀,-20℃保存備用。

(2)探針敏感性檢測:

①樣品稀釋:取dig-標記探針1 μl 用ddH2O以1:10、1:100、1:1000、1:1000、1:10000梯度稀釋。

②取一張與點樣器大小相近的尼龍膜,標記方向,ddH2O中浸泡 1 min,6×SSC中浸泡10 min,置點樣器上,負壓抽吸5 min。

③將上述樣品點于尼龍膜上,繼續抽吸10 min。

④取下尼龍膜,置紫外燈下10 cm 處照射5 min,晾干。

⑤將膜置于適量預雜交液(5-10 ml)中,37℃預雜交10 min。

⑥加入Anti-dig 抗體(1:5000),37℃雜交30 min。

⑦洗膜:2×SSC/0.1%SDS室溫洗10 min×2次。

⑧顯色:15 ml TSM2中加300 μl 顯色液(NBT/BCIP),37℃避光顯色30 min。

2.  PCR法制備cDNA核酸探針:

(1) 探針制備:

以PCR DIG Probe Synthesis Kit 為例:

在0.5 ml 離心管中,依次加入:

PCR引物 1(10 pM) 2 μl;

PCR引物 1(10 pM) 2 μl;

質粒DNA 模板(10-100 pg) 2 μl;

PCR DIG mix 2 μl (含dNTP和DIG-11-dUTP);

dNTPmix 2 μl;

10×PCR buffer 5 μl;

Taq 酶(2 u/μl) 1 μl;

加入適量ddH2O,使總體積達50 μl。

① 將上述混合液稍加離心,立即置PCR儀上,執行擴增。
一般:在93℃預變性3-5min,進入循環擴增階段:93℃ 45 s → 58℃ 45 s → 72℃ 60 s,循環30-35次,zui后在72℃ 保溫7 min。

② 在上述PCR產物中加入4 M LiCl 12.5 μl、預冷無水乙醇375 μl,輕輕混合后置于-20℃2 h,12 000g×15 min,棄上清。70%乙醇(預冷) 120 μl 洗滌沉淀,離心7500g×5 min,棄上清,晾干沉淀,加TE 50 μl 溶解,-20℃保存備用。

(2)探針檢測:

行瓊脂糖凝膠電泳,紫外燈下觀察DIG-DNA探針含量(采用目測法)。

(三)原位雜交反應(以DIG-cDNA探針為例):

1.  0.1 M PBS (pH 7.2) 浸 5-10 min。

2.  0.1 M甘氨酸/0.1 M PBS 浸5 min。

3.  0.3%TritonX-100/0.1 M PBS 浸10-15 min。

4.  0.1 M PBS 洗 5 min×3次,加蛋白酶K(1 μg/ml),37℃孵育30 min。

5.  4%多聚甲醛浸5 min。

6.  0.1 M PBS 洗 5 min×2次,浸入新鮮配制的含0.25%乙酸酐/0.1 M 三乙醇胺中10 min。

7.  預雜交:滴加適量預雜交液,42℃ 30 min。

(1)雜交:傾去預雜交液,在每張切片上滴加10-20 μl 雜交液(將探針變性后稀釋在預雜交液中,0.5 ng/μl ),覆以蓋玻片或蠟膜,42℃

(2)洗片:

4×SSC、2×SSC、1×SSC、0.5×SSC 37℃各洗20 min;

0.2×SSC 37℃洗10 min;0.2×SSC與0.1 M PBS各半洗10 min;

0.05 M PBS 洗 5 min×2次。

10.  3% BSA/0.05 M PBS 包被,37℃ 30 min。

11.  滴加抗地高辛-抗血清堿性磷酸酶復合物(以抗體稀釋液1:5000稀釋)4℃孵育

12.  0.05M PBS洗15 min×4次;TSM1 10 min×2次; 新鮮配制TSM2 10 min×2次。

13.  顯色:在玻片上滴加適量顯色液,4℃避光

14.  將玻片置于TE中10-30 min以終止反應。酒精梯度脫水、二甲苯脫脂,中性樹膠封片。

15.  顯微鏡下觀察結果。

四、注意事項:

1.  作為DNA-RNA的雜交,需防RNase的污染。

2.  cDNA探針在雜交時必須變性解鏈。具體方法是:將探針置100℃加熱5 min,冰浴驟冷

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