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（二）、除雜及抗體哺育。
8、超聲破碎結(jié)束后，10，000g 4oC離心10min。去除不溶物質(zhì)。
留取300ul做實(shí)驗(yàn)，其余保存于-80oC。
300ul中，100ul加抗體做為實(shí)驗(yàn)組；100ul不加抗體做為對照組；100ul加入4ul5MNaCl（NaCl終濃度為0.2M），65oC處理3h解交聯(lián)，跑電泳，檢測超聲破碎的效果。
9、在100ul的超聲破碎產(chǎn)物中，加入900ulChIPDilutionBuffer和20ul的50×PIC。
再各加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC顛轉(zhuǎn)混勻1h。
10、1h后，在4攝氏度靜置10min沉淀，700rpm離心1min。
11、取上清。各留取20ul做為input。一管中加入1ul抗體，另一管中則不加抗體。4oC顛轉(zhuǎn)。
（三）、檢驗(yàn)超聲破碎的效果。
取100ul超聲破碎后產(chǎn)物，加入4ul5MNaCl，65oC處理2h解交聯(lián)。分出一半用酚/氯仿抽提。電泳檢測超聲效果。
第二天：
（一）、免疫復(fù)合物的沉淀及清洗。
12、孵育后，每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC顛轉(zhuǎn)2h。
13、4oC靜置10min后，700rpm離心1min。除去上清。
14、依次用下列溶液清洗沉淀復(fù)合物。清洗的步驟：加入溶液，在4oC顛轉(zhuǎn)10min，4oC靜置10min沉淀，700rpm離心1min，除去上清。
洗滌溶液：a.low salt wash buffer-one wash
b.highsalt wash buffer-one wash
c.LiCl wash buffer-one wash
d.TE buffer-two wash
15、清洗完畢后，開始洗脫。洗脫液的配方：100ul10%SDS，100ul1MNaHCO3，800ulddH2O，共1ml。
每管加入250ul洗脫buffer，室溫下顛轉(zhuǎn)15min，靜置離心后，收集上清。重復(fù)洗滌一次。zui終的洗脫液為每管500ul。
16、解交聯(lián)：每管中加入20ul 5M NaCl（NaCl終濃度為0.2M）。
混勻，65oC解交聯(lián)。
第三天：
（一）、DNA樣品的回收
17、解交聯(lián)結(jié)束后，每管加入1ulRNaseA（MBI），37oC孵育1h。
18、每管加入10ul0.5MEDTA，20ul1MTris.HCl（PH6.5），2ul10mg/ml蛋白酶K。
45oC處理2h。
19、DN段的回收----omega膠回收試劑盒。zui終的樣品溶于100ulddH2O。
（二）、PCR分析
ChIP-chip技術(shù)對于大規(guī)模挖掘順式調(diào)控信息成績，同時它可以用于胚胎干細(xì)胞和一些疾病如癌癥、心血管疾病和中央神經(jīng)紊亂的發(fā)生的機(jī)制。研究人員還可以利用這項(xiàng)技術(shù)開發(fā)一些治療方法。目前ChIP-chip技術(shù)研究主要集中于兩個領(lǐng)域：及轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合和條件特異性；組蛋白的修飾，組蛋白修飾蛋白和染色體重建。
ChIP-chip在描述轉(zhuǎn)錄結(jié)合因子動力學(xué)中的研究、染色體結(jié)構(gòu)組分的分布、在組蛋白的修飾、組蛋白修飾蛋白和染色體重建中的應(yīng)用也十分廣泛。ChIP-chip 技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)是，可以在體內(nèi)進(jìn)行反應(yīng)；在給定的檢驗(yàn)細(xì)胞環(huán)境的模式下得到DNA相互關(guān)系的簡單影像；使用特異性修正抗體鑒定與包含有一個特異性后轉(zhuǎn)錄修正的蛋白質(zhì)的相關(guān)位點(diǎn)；直接或者間接（通過蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)的相互作用）的鑒別基因組與蛋白質(zhì)的相關(guān)位點(diǎn)。缺點(diǎn)是：需要一個特異性蛋白質(zhì)抗體，有時難于獲得；為了獲得高豐度的結(jié)合片段，必須實(shí)驗(yàn)演示胞內(nèi)條件下靶標(biāo)蛋白質(zhì)的表達(dá)情況；調(diào)控蛋白質(zhì)的基因的獲取可能需要限制在組織來源中。
總之，ChIP-chip 技術(shù)的發(fā)展為析活細(xì)胞或組織中DNA與蛋白質(zhì)的相互關(guān)系提供了一個極為有力的工具。在未來的研究中，將對芯片的構(gòu)建進(jìn)行改進(jìn)，提高其實(shí)用性。使用易于獲得抗體，增加這種方法的可用性。
