相差顯微鏡與普通光學顯微鏡的基本結構是相同的，所不同的是它具有四部分特殊結構：即環狀光闌、相板、合軸調節望遠鏡及綠色濾光片。
　　1、環狀光欄。具有環形開孔的光欄。位于聚光器的前焦點平面上，光闌的直徑大小是與物鏡的放大倍數相匹配的，并有一個明視場光闌，與聚焦器一起組成轉盤聚光器。在使用時只要把相應的光闌轉到光路即可。
　　2、相板。位于物鏡內部的后焦平面上。相板上有兩個區域，直射光通過的部分叫“共軛面”，衍射光通過的部分叫“補償面”。帶有相板的物鏡叫相差物鏡，常以“Ph”字樣標在物鏡外殼上。
　　相板上鍍有兩種不同的金屬膜：吸收膜和相位膜。吸收膜常為鉻、銀等金屬在真空中蒸發而鍍成的薄膜，它能把通過的光線吸收掉60%-93%，相位膜為氟化鎂等在真空中蒸發鍍成，它能把通過的光線相位推遲1/4波長。
　　根據需要，兩種膜有不同的鍍法，從而制造出不同類型的相差物鏡。如果吸收膜和相位膜都鍍在相反的共軛面上，通過共軛面的直射光不但振幅減弱，而且相位也被推遲1/4λ，衍射光因通過物體時相位也被推遲1/4λ，這樣就使得直射光與衍射光維持在同一個相位上。根據相長干涉原理，合成光等于直射光與衍射光振幅之和，因背景只有直射光的照明，所以通過被檢物體的合成光就比背景明亮。這樣的效果叫負相差，鏡檢效果是暗中之明。
　　如果吸收膜鍍在共軛面，相位膜鍍在補償面上，直射光僅被吸收，振幅減少，但相位未被推遲，而通過補償面的衍射光的相位，則被推遲了兩個1/4λ，因此衍射光的相位要比直射光相位落后1/2λ。根據相消干涉原理，這樣通過被檢物體的合成光要比背景暗，這種效果叫正相差，即鏡檢效果是明中之暗。
　　負相差物鏡(Negative　contrast)用縮寫字母“N”表示，正相差物鏡(Positive contrast)用縮寫字母“P”表示，由于吸收膜對通過它的光線的透過率不同，可分為高、中、低及低低，如Olympus光的透過率分為：7%、15%、20%、40%四個等級，因此分為高(High略寫為H)，中(Medium略寫為M)，低(Low略寫為L)及低低(Low-Low略寫成LL)四類，構成了負高(NH)、負中(NM)、正低(PL)和正低低(PLL)四種類型相差物鏡，這些字母符號都寫在相差物鏡的外殼上。可根據被檢物體的特性來選擇使用不同類型的相差物鏡。
　　3、合軸調節望遠鏡。是相差顯微鏡一個極為重要的結構。環狀光闌的像必須與相板共軛面*吻合，才能實現對直射光和衍射光的特殊處理。否則應被吸收的直射光被泄掉，而不該吸收的衍射光反被吸收，應推遲的相位有的不能被推遲，這樣就不能達到相差鏡檢的效果。由于環狀光闌是通過轉盤聚光器與物鏡相匹配的，因而環狀光闌與相板常不同軸。為此，相差顯微鏡配備有一個合軸調節望遠鏡(在鏡的外殼上標有“CT”符號)，用于合軸調節。使用時撥去一側目鏡，插入合軸調節望遠鏡，旋轉合軸調節望遠鏡的焦點，便能清楚看到一明一暗兩個圓環。再轉動聚光器上的環狀光闌的兩個調節鈕，使明亮的環狀光闌圓環與暗的相板上共軛面暗環*重疊。如明亮的光環過小或過大，可調節聚光器的升降旋鈕，使兩環*吻合。如果聚光器已升到zui高點或降到zui低點而仍不能矯正，說明玻片太厚了，應更換。調好后取下望遠鏡，換上目鏡即可進行鏡檢觀察。
　　4、綠色濾光片。由于使用的照明光線的波長不同，常引起相位的變化，為了獲得良好的相差效果，相差顯微鏡要求使用波長范圍比較窄的單色光，通常是用綠色濾光片來調整光源的波長。Olympus廠家生產的相差顯微鏡在鏡檢時要使用該廠規定的IF550綠色濾光片作為配套器件。
奧林巴斯品牌下常用的生物顯微鏡都可以擴展相差附件，包括正置生物顯微鏡和倒置生物顯微鏡，常見的幸好有CX41，BX43，BX53，CKX31，CKX41等，歡迎用戶。