2024年第三季度，國內(nèi)發(fā)表的包含賽多利斯Octet® 分子互作分析系統(tǒng)數(shù)據(jù)的論文繼續(xù)呈現(xiàn)井噴狀態(tài)。不辭辛苦的陳老師又一口氣統(tǒng)計了超過100篇左右的國內(nèi)論文，涉及近90個單位， 論文列表在文末。老規(guī)矩，我們先按照單位和應(yīng)用進行統(tǒng)計。

在短短一個季度內(nèi)，武漢大學(xué)、北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院、上海交通大學(xué)和中科院生物物理所等單位發(fā)表的文章數(shù)均超過3篇?？梢?，Octet® 因其操作簡便，成本低，數(shù)據(jù)準確，儀器穩(wěn)定性高等優(yōu)點，能夠幫助科學(xué)家快速產(chǎn)出科研成果。

從應(yīng)用方向看，涉及到多個領(lǐng)域，其中小分子的應(yīng)用文章最多，超過蛋白和抗體應(yīng)用的文章數(shù)量。BLI技術(shù)因其對溶劑（如DMSO）不敏感，假陽性低，高靈敏度等優(yōu)點，可以幫助研究人更快，更高質(zhì)量的獲得了小分子檢測的結(jié)果。

DCN1是neddylation過程中的關(guān)鍵E3連接酶，在許多疾病中過度激活，如癌癥、心力衰竭以及纖維化疾病，并被視為藥物開發(fā)的新靶點。本文從苗頭化合物HD1設(shè)計并合成了一類新的基于2,4,3-三唑-1-硫酮的DCN1抑制劑，并通過大量構(gòu)效關(guān)系研究（SAR） 進行了優(yōu)化。最終，HD2（IC50= 2.96 nM） 被鑒定一種高效且選擇性的DCN1抑制劑，具有良好的PK特性和低毒性。HD2在體外有效緩解了Ang II/TGFβ誘導(dǎo)的心臟成纖維細胞活化，被認為是一種治療心臟纖維化和重塑的很有前景的靶向DCN1的先導(dǎo)化合物。

圖1. 上圖為小分子HD2的分子結(jié)構(gòu)以及與靶點DCN1的復(fù)合物結(jié)構(gòu)，下圖為Octet® 檢測的HD2和靶點的結(jié)合解離圖（A）和靜態(tài)擬合圖（B）。

ERAP1是 “MHC-I-opathy”這一嚴重自身免疫性疾病亞類的新興靶點。本文確定了一種新型的食品來源的天然產(chǎn)物抑制——劑鼠尾草酸，它對ERAP1具有高選擇性和高活性。Octet® 結(jié)果表明，鼠尾草酸能夠強效結(jié)合ERAP1。通過HLA-B27 介導(dǎo)的細胞建模驗證，鼠尾草酸具有抑制ERAP1帶來的強直性脊柱炎相關(guān)細胞系的活性。本研究結(jié)果為針對 ERAP1 的強效抑制劑的設(shè)計提供了見解。

圖2. 左邊是抑制劑的篩選過程，當(dāng)中是包括Octet® 在內(nèi)的結(jié)合能力驗證過程，右邊是功能活性表征。

鑒于惡性雜草Leptochloa chinensis在稻田中普遍存在，針對這種雜草的新型除草劑的開發(fā)引起了廣泛關(guān)注。本文報道了一種新型二苯醚-嘧啶化合物 DEP-5，作為稻田廣譜雜草防治的除草劑。即使在溫室條件下，DEP-5 對抗性生物型也表現(xiàn)出超過 80% 的除草活性，并發(fā)現(xiàn)乙酰羥酸合酶（AHAS）的非競爭性抑制劑，抑制常數(shù) （Ki） 為 39.4 μM。這些發(fā)現(xiàn)表明， DEP-5 具有開發(fā)成為用于控制 L. chinensis 的除草劑的巨大潛力，并為新型 AHAS 抑制除草劑的設(shè)計激發(fā)了新的思路。

圖3. 本文的研究技術(shù)路線，右上為Octet® 檢測的DEP-5與靶點AHAS的結(jié)合，KD值為uM級別。

β-1,3-葡萄糖醛酸轉(zhuǎn)移酶（B3GAT3）在肝癌（HCC）中呈現(xiàn)過表達，與預(yù)后呈負相關(guān)，是癌癥治療的有前景的靶點。在本研究中，通過虛擬篩選和結(jié)構(gòu)優(yōu)化，設(shè)計并合成了一系列 B3GAT3 小分子抑制劑。先導(dǎo)化合物TMLB-C16可以有效抑制肝癌細胞系MHCC-97H和HCCLM3的增殖和遷移，誘導(dǎo)細胞周期停滯和凋亡，并表現(xiàn)出顯著的B3GAT3酶活抑制活性。化合物TMLB-C16表現(xiàn)出良好的藥代動力學(xué)特性和較高的生物利用度，是一種有效的B3GAT3小分子抑制劑，為未來B3GAT3靶向藥物的開發(fā)奠定了基礎(chǔ)。

圖4. 抑制劑與B3GAT3的結(jié)合。左圖為SPR結(jié)果，右圖為Octet® 結(jié)果。兩者的測的KD值均為uM級別。

-參考文獻-

[1] Discovery of 1,2,4-Triazole-3-thione Derivatives as Potent and Selective DCN1 Inhibitors for Pathological Cardiac Fibrosis and Remodeling | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org)

[2] Carnosic Acid: A Novel Selective Inhibitor of ERAP1 by Direct Binding and Its Modulation of Antigen Processing and Presentation | Journal of Agricultural and Food Chemistry (acs.org)

[3] A Novel AHAS-Inhibiting Herbicide Candidate for Controlling Leptochloa chinensis: A Devastating Weedy Grass in Rice Fields | Journal of Agricultural and Food Chemistry (acs.org)

[4]Discovery of Novel 2-Oxoacetamide Derivatives as B3GAT3 Inhibitors for the Treatment of Hepatocellular Carcinoma | Journal of Medicinal Chemistry (acs.org)