診斷時zui重要的步驟是選擇合適的樣品，這樣才能獲得有用的實驗室資料。一般來講，從幼豬而非大豬中采集樣品，因為在幼豬中的PRRSV的數量多，持續時間長。感染后4—6周能從乳豬、斷奶仔豬或架子豬的血清中分離血清。病毒分離用的樣品在采集后迅速冷藏或凍貯，因為PRRSV對病毒很敏感，在運輸過程中必須注意溫度不能升高，否則PRRSV易被滅活而不能進行病毒分離。此外，病毒對pH的穩定性范圍很小，因此必須保證無菌環境，以避免細菌污染而導致pH改變。樣品必須用絕緣和防漏的容器包裝，有足夠的冷凍劑，迅速遞送到相關實驗室對PRRS的病毒學診斷比較困難，這主要由于分離病毒需要選用豬肺泡巨噬細胞，這種細胞來自6～8周齡的豬，并且是無特定病原體豬（SPF）這種豬不是所有實驗室都可以方便得到的。一般的傳代細胞系對該病毒的易感性差，不能*替代肺泡巨噬細胞。某些猴腎細胞系（MARC-145）能較好的替代巨噬細胞，但不支持所有的分離物，尤其是對歐洲型毒株。

鑒定PRRSV的實驗室技術還有免疫組化和免疫熒光方法，其中以肺和扁桃體組織用于檢測效果較好，這兩種方法比用病毒分離方法更迅速且無需細胞培養設施。免疫組化法可以對用福爾馬林固定的組織塊病毒鑒定，并能對病毒進行溯源性分析，但這兩種方法的正確性受操作人員的技巧影響很大，再經病毒分離或PCR鑒定應用原位雜交法能檢測和區別PRRS病毒北美洲基因型及歐洲株基因型，但它主要用于研究，并不適于實驗室診斷。

反轉錄—聚合酶聯反應（RT—PCR）以及套式PCR法檢測病毒RNA的敏感性很高，當病毒分離困難時很有用，如測定精液或病毒因為自溶而部分降解。在豬的急性感染中，PCR與常規病毒分離同等敏感，在感染的康復階段比病毒分離更為敏感。自動化的PCR試驗不易發生污染，為診斷實驗室提供敏感而特異的試驗，而且費用大為下降。現在已廣泛用于包括血清在內的多種組織的檢測；現已發展了多種PCR診斷技術，其中嵌套式PCR比普通PCR提供了更高的敏感性，多重PCR可以用于區別北美型和歐洲型PRRS病毒分離株；現在更新的熒光定量RT—PCR技術也已經用于組織或血清樣本中PRRSV的定性和定量檢測。通過這些分子生物學的方法，我們可以在難以進行病毒分離的情況下快速準確地檢測病原。zui近，開發的PCR產物進行限制性片段長度多態性分析的方法，可用于PRRS野毒株以及疫苗分離株的分子流行病學檢測。