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蛋白質是生命活動的主要執行者，其功能和結構的研究對于理解生命過程、疾病機制以及藥物開發具有重要意義。分子相互作用是蛋白質功能與結構研究的核心內容，通過揭示蛋白質與其他分子之間的相互作用，可以深入理解蛋白質的功能機制和結構特點。 
1、蛋白質與配體的相互作用是研究蛋白質功能的重要途徑。蛋白質往往通過與小分子配體的結合來實現其生物學功能，如酶與底物、受體與信號分子、轉運蛋白與底物等。通過研究蛋白質與配體的結合模式、結合位點和結合常數，可以揭示蛋白質的功能機制。
2、蛋白質與蛋白質的相互作用是研究蛋白質功能網絡的關鍵。蛋白質在執行其生物學功能時，往往需要與其他蛋白質形成復合物，通過蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）來實現信號傳遞、調控機制、組裝結構等功能。研究蛋白質之間的相互作用，可以構建蛋白質相互作用網絡，揭示生物體內的復雜調控機制。
3、蛋白質與核酸的相互作用是研究基因表達調控的重要手段。蛋白質通過與DNA或RNA的結合，參與基因轉錄、翻譯、復制、修復等過程。研究蛋白質與核酸的相互作用，可以揭示基因表達調控的機制。
4、分子相互作用研究還可以應用于藥物開發。通過研究藥物分子與靶蛋白的相互作用，可以揭示藥物的作用機制，篩選和優化藥物候選分子。
利用分子相互作用研究蛋白質功能與結構，是一個多層次、多角度的綜合研究方法。通過揭示蛋白質與其他分子之間的相互作用，可以深入理解蛋白質的功能機制和結構特點，為生命科學和醫學研究提供重要的理論基礎和實踐應用。
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