RNA(核糖核酸)比DNA(脫氧核糖核酸)在提取過程中更容易降解的原因主要與它們的化學結構不同和提取中的不當操作有關。
一、化學結構差異:
DNA與RNA結構對比
1、RNA是單鏈結構,與DNA的雙鏈結構相比,它更不穩定。
DNA的雙鏈結構與RNA的單鏈結構
2、2' 位的羥基:RNA分子中的核糖含有一個2' 位的羥基(-OH),而DNA中的脫氧核糖在這個位置上是一個氫原子。這個額外的羥基使得RNA分子更加不穩定,因為它可以促進自發的水解反應,導致RNA鏈斷裂。
DNA與RNA 2’ 位基團對比
二、提取體系中RNA酶的影響:
1、內源性RNA酶:存在于細胞內,即使在細胞裂解后也能繼續降解RNA。
2、外源性RNA酶:環境中廣泛存在,如空氣、皮膚、實驗室用品(手套、試管等)中都有可能攜帶RNA酶。
三、實驗操作不當:
1、使用的試劑和器械沒有經過DEPC(焦碳酸二乙酯)處理,無法有效滅活RNA酶。
2、抑制劑失效或用量不足,不能有效抑制RNA酶的活性。
3、實驗樣品過多或勻漿溫度過高,導致RNA酶活性增加。
4、pH值和溫度的變化,特別是在堿性條件下,RNA的堿基容易被脫氨基,從而導致鏈斷裂;高溫也會引起RNA分子的部分降解。
四、應該怎么做能減少RNA的降解?
為了減少RNA在提取過程中的降解,需要采取一系列措施,包括使用無RNA酶的實驗室用品、在低溫下操作、使用RNA穩定劑、使用成品試劑盒等。通過這些方法可以有效地減少RNA降解的風險,確保獲得高質量的RNA樣品用于下游分析。
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