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譜康醫學 | 單管檢測35人份PBMC——大隊列樣本編碼策略

來源:聚光科技(杭州)股份有限公司   2024年08月09日 16:05  
譜康醫學 | 單管檢測35人份PBMC——大隊列樣本編碼策略


大隊列流式樣本編碼策略

在大隊列流式樣本研究中,為保證樣本間實驗操作的一致性,通常會先對每份樣本進行barcoding編碼,然后將所有樣本混合成1管,進行統一的后期抗體染色等實驗步驟。同批次對多個樣本進行處理,可節約抗體等試劑,節省操作時間和重復性操作成本,減少因人工操作和機器狀態帶來的單個樣本差異性,極大的提高實驗結果的可靠性和準確性。

本次實驗采用活細胞barcoding編碼方案,用Cd(111Cd、112Cd、116Cd)和Pt(194Pt、195Pt、196Pt、198Pt)標記的CD45作為編碼抗體試劑,從7種同位素中任選3種,以金屬組合編碼的方式標記不同細胞樣本,將樣本編碼上限拓展到了35人份。相比于市面上的20-plex Pd Barcoding編碼需要先對細胞進行固定破膜,使用活細胞barcoding編碼可以避免部分抗體在固定破膜后特異性不好、染色效果不佳的缺陷。

本實驗使用譜康醫學 MSFLO 質譜流式細胞儀分析檢測 35 人份混合編碼的外周血樣本免疫細胞。MSFLO 質譜流式細胞儀是先進的懸液單細胞蛋白檢測平臺,具備高靈敏、高通量、多靶標的單細胞蛋白組學檢測能力,以及溶液、單細胞、單顆粒等多種工作模式,其強大的算法可實現多種單細胞編碼方式的解碼功能。

此外,該編碼方式具備一定的可拓展性,以Cd(7種金屬同位素)和Pt (4種金屬同位素)標記的CD45為例,采用11選3方案,最多可進行165人份樣本同批次處理與單管上樣,為臨床大樣本隊列和高通量藥物篩選研究做準備。

譜康醫學 | 單管檢測35人份PBMC——大隊列樣本編碼策略


譜康醫學 | 單管檢測35人份PBMC——大隊列樣本編碼策略應用方案
儀器配置
MSFLO 臺式質譜流式細胞儀

實驗設計
(1)Barcoding 設計

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 (2)主要試劑

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結果分析

通過算法對混合樣本進行解碼,可有效鑒別35種編碼方式對應的35個樣本文件,熱圖和tSNE也能進一步證實35個樣本之間區分明顯,分離效果優秀。

(1)文件解碼

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(2)可視化分析


  • 35個樣本CD45 histogram


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  • 35個樣本CD45 heatmap


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  • 35個樣本tSNE分布


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(3)對解碼后35個樣本進行CD4/CD8 T cells、B cells、Monocytes和NK cells分群圈門,各細胞亞群分群效果較好,亞群比例統計結果如下:

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解碼后的35個樣本以CD4/CD8 T細胞為例的分群效果:


譜康醫學 MSFLO 質譜流式細胞儀致力于為生命科學領域提供強大的單細胞、多靶標檢測技術手段,滿足單細胞 40 色及以上檢測指標需求,且通道間基本無串擾、無需調節補償,背景信號低,工作模式豐富,為不同科學研究領域提供強有力的技術解決方案。

聚光科技生命科學板塊旗下杭州譜康醫學科技有限公司,成立于2020年,以流式細胞檢測技術為核心,提供專業化的硬件及配套試劑,同時為客戶開發開展定制化服務。公司堅持流式細胞儀產業化協同發展戰略,擁有高學歷流式設備專業研發團隊,標準化的GMP生產車間,豐富的實驗室建設經驗,成熟的實驗室管理體系,已經全面掌握流式核心的設備制造技術及設備集成的開發能力,旨在為客戶提供整套細胞解決方案。




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