從提取原理上來看，有離心柱法、磁珠法；離心柱法全自動核酸提取儀采用離心機和自動移液裝置想結合的方法，通量一般在1-12個樣本，時間上和手工提取差不多，并不能提高效率，價格也不便宜，耗材還不通用，適合錢多的實驗室使用。
 

　　磁珠法自動核酸提取儀又分為磁棒法和抽吸法，先說抽吸法，顧名思義，抽吸法就是通過自動移液裝置來進行，通過自動移液裝置來加入裂解液、磁珠吸附；抽走裂解液，加入漂洗液，磁珠吸附，抽走漂洗液，加入洗脫緩沖液。從步驟上好像沒什么問題，但是抽吸法最大的問題在于，為了在去除廢液的時候不抽走磁珠，移液器不能靠磁珠太近，以防磁珠連同廢液被抽掉，這樣每一次抽廢液的時候總有一小部分不能徹-底的抽走，特別是磁鐵在底部的裝置，因為磁珠被磁鐵吸附在底部，所以移液器不能靠底部太近，這樣漂洗液就不能完-全去除，殘留的漂洗液中的鹽和乙醇會影響后面的洗脫效率和PCR成功率；磁鐵在側面的裝置殘留的液體會少些，但是洗脫的效率也不好，依靠DNA自行溶解到洗脫緩沖液中，除非等上半小時以上，所以有些96自動核酸提取工作站，提取一輪的時間需要150分鐘，32磁棒法的同樣的時間可以提5輪了。
 

　　再說磁棒法核酸提取儀，通量通常有8、16、32、96通道，相對于抽吸法，磁棒法的優點是每一步的液體不殘留，因為磁棒只帶走磁珠，轉移到下一個步驟相應的反應孔中，另外選擇磁棒法的提取儀器最好要功能更齊全的，比如可以加熱，每個加熱槽最好獨立溫控，這樣可以設置加熱、裂解、洗脫的不同溫度，另外很重要的一點是，帶動磁棒的電機要能帶動磁棒進行液體的快速混勻和攪拌，這樣才有利于自動化和有助于裂解和漂洗。磁棒法的通量選擇最好是32通道，96通道的看似通量更高，但是有個很現實的問題，96個磁力棒在從一個板轉移至另外一個板的時候，磁力棒上面的液體中途滴下來怎么辦，它會滴到別的孔中造成污染，而32通道的磁力棒運行軌跡不經過其他樣本的上空，這樣不會交叉污染。