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倒置顯微鏡是為了適應生物學、醫學等領域中的組織培養、細胞離體培養、浮游生物、環境保護、食品檢驗等顯微觀察。由于這些活體被檢物體均放置在培養皿(或培養瓶)中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，故稱為“倒置顯微鏡”。
倒置熒光顯微鏡，是指與一般顯微鏡相比，其物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，由熒光附件與顯微鏡有機結合構成的顯微鏡。激發光從物鏡向上落射到標本表面，被反射到物鏡中并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，經雙色束分離器使激發光和熒光分開而成像。物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。適用于土壤微生物培養實驗，具有在培養瓶或培養皿內進行顯微觀察的特點，可以觀察不經染色的透明活體。特別適用于對活體細胞和細胞離體培養等顯微觀察。
倒置熒光顯微鏡是激發光從物鏡向下落射到標本表面，即用同一物鏡作為照明聚光器和收集熒光的物鏡。光路中需加上一個雙色束分離器，它與光軸呈45°角，激發光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發光和熒光分開，殘余激發光再被阻斷濾片吸收。如換用不同的激發濾片/雙色束分離器/阻斷濾片的組合插塊，可滿足不同熒光反應產物的需要。此種熒光顯微鏡的優點是視野照明均勻，成像清晰，放大倍數愈大熒光愈強。
倒置熒光顯微鏡適用于對活體細胞和組織、流質、沉淀物等進行顯微研究，是生物學，細胞學，腫瘤學，遺傳學，免疫學等研究工作的**儀器。可供科研、高校、醫療、防疫和農牧等部門使用。倒置熒光顯微鏡是由倒置顯微鏡和落射熒光顯微鏡組成。儀器配有長工作距離平場消色差物鏡、大視野目鏡、雙目觀察，倒置顯微鏡還配有特長或超長工作距離聚光鏡，同時配有相襯裝置及長工作距離平場相襯物鏡。
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