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生物顯微鏡是用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等的觀察和研究，同時可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體。
生物顯微鏡的使用步驟說明：
一、取鏡和安放
1.右手握住鏡臂，左手托住鏡座。
2.把顯微鏡放在實驗臺上，略偏左(顯微鏡放在距實驗臺邊緣7厘米左右處)。安裝好目鏡和物鏡。
二、對光
1.轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔(物鏡的前端與載物臺要保持2厘米的距離)。
2.把一個較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內(右眼睜開，便于以后同時畫圖)。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。
三、觀察
1.把所要觀察的玻片標本(也可以用印有“6”字的薄紙片制成)放在載物臺上，用壓片夾壓住，標本要正對通光孔的中心。
2.轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，直到物鏡接近玻片標本為止(眼睛看著物鏡，以免物鏡碰到玻片標本)。
3.左眼向目鏡內看，同時反方向轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看清物像為止。再略微轉動細準焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
4.高倍物鏡的使用：使用高倍物鏡之前，必須先用低倍物鏡找到觀察的物象，并調到視野的正中央，然后轉動轉換器再換高倍鏡。換用高倍鏡后，視野內亮度變暗，因此一般選用較大的光圈并使用反光鏡的凹面，然后調節細準焦螺旋。觀看的物體數目變少，但是體積變大。
四、整理
實驗完畢，把顯微鏡的外表擦拭干凈。轉動轉換器，把兩個物鏡偏到兩旁，并將鏡筒緩緩下降到zui低處，反光鏡豎直放置。最后把顯微鏡放進鏡箱里，送回原處。
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