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脂質體擠出器主要應用于藥劑產品粒徑均一化，去除產品中的顆粒和沉淀，減小脂質體及乳劑粒徑以便于無菌過濾，分子生物動力學研究。廣泛應用于脂質體、脂肪乳、微乳、分子生物學等領域，其他任何需要勻化顆粒的。
通過動力端產生一定的壓力，擠壓樣品通過聚碳酸酯膜（PC濾膜）與不銹鋼微孔濾板，擠出后的樣品，其粒徑分布均勻，可達到納米級。樣品的粒徑大小與擠出壓力及PC濾膜的孔徑有關。手動式脂質體擠出器為實驗室脂質體制備的理想器材,采用密封的玻璃注射器，利用手動推力，使物料強制通過基體內部的薄膜，從而得到均勻的脂質體納米粒。
脂質體擠出對濾膜的要求比較高，需要膜孔分布均勻、孔徑基本保持一致，且孔徑垂直更有利于納米級脂質體的擠出制備。核打孔的聚碳酸酯膜可以滿足上述要求。需要注意的是一般用于除菌的微孔濾膜膜孔分布和大小是很不均勻的，孔道是彎彎曲曲的，使用時注意區分。在選擇擠出濾膜的孔徑時，需先測定擠出前脂質體樣品的粒徑，并與最終所需達到的目標粒徑相結合進行考慮，然后選擇合適的濾膜孔徑。比如原始樣品粒徑是400nm，目標粒徑是100nm，可以先嘗試用200nm擠出。如果擠出困難，換成400nm擠出，之后再依次用200nm，100nm，80nm擠出。
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