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離子交換色譜柱是指離子交換色譜中的固定相中的一些帶電荷的基團，這些帶電基團通過靜電相互作用與帶相反電荷的離子結合。
離子色譜柱是離子色譜系統的心臟，只有性能優良的色譜柱才能達到良好的分離效果，這對色譜柱材料，填充料（交換樹脂）、柱尺寸、裝柱技術等均有一定的要求。柱兩端均有微孔篩板以防試料或洗脫液中的細微顆粒進入柱中，影響柱中樹脂的滲透性。
優點：
1、具有開放性支持骨架，大分子可以自由進入和迅速擴散，故吸附容量大。
2、具有親水性，對大分子的吸附不大牢固，用溫和條件使可以洗脫，不致引起蛋白質變性或酶的失活。
3、多孔性，表面積大、交換容量大，回收率高，可用于分離和制備。
離子交換色譜通常選用粗短柱，即高徑比小的色譜柱。典型的離子交換柱高度在5~20cm，高徑比一般小于5。如果需要增加離子交換劑的體積，只能從增加柱的直徑而不能增加其高度。如果是連續梯度洗脫，可以適當增加柱的長度。
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