隨著人們生活水平的日益提高，對食品的營養性、保健性和**性趨于理性化、科學化，近幾年在食品檢測中應用了一種準確的分析工具—液質聯用儀。液質聯用儀集液相色譜儀對復雜基體化合物的高分離能力，質譜儀獨te的選擇性、靈敏度、相對分子質量和結構信息于一體，成為食品工業中原材料篩選、生產過程中質量控制和成品質量檢測等有力的分析檢測工具，在食品分析檢測方面具有十分廣闊的前景。
一、食品中農獸藥殘留的檢測：
食品及農產品的農獸藥殘留分析對靈敏度、重現性和選擇性的要求非常高，常常需要在復雜的基質中檢測ppm級甚至更低濃度的痕量殘留物質。要達到以上要求，除了良好的樣品前處理外，還需要選擇高性能、高靈敏度的液質聯用儀進行檢測分析。
二、食品中違禁物質和有害添加劑的檢測：
食品中添加劑的含量過高會對人體產生不同程度的危害，甚至威脅人的生命**，所以有必要采用能夠快速鑒定并且準確定量食品中違禁物質和有害添加劑的分析檢測工具。對它們的測定有分光光度儀、毛細管電泳儀和氣相色譜儀等，由于液質聯用儀具有只需對樣品進行簡單預處理，適用于含量少、不宜分離、在分離過程中容易發生變化或損失的成分的分析檢測，在食品中違禁物質和有害添加劑的分析研究中得到了廣泛的應用。
三、保健品功效成分的檢測：
保健食品功效成分的分析檢測工具主要有高效液相色譜儀、氣相色譜儀和比色儀等，但利用這些儀器測定的結果都不能確定功效成分,不能滿足分析檢測的需要。液質聯用儀在對保健食品功效成分進行分析時，可以同時得到化合物的保留時間、在線紫外光譜、分子量和特征結構碎片等豐富的信息，具有高效快速、準確和靈敏度高的特點，在保健品功效成分的分析研究中得到了廣泛的應用。