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超凈工作臺和生物安全柜的主要區別如下：
1、生物安全柜是往里面吸空氣，防止生物病菌或試劑濺出安全柜污染實驗室和實驗員，主要用來保護人體。
2、而超凈工作臺是往外吹風，不考慮實驗室和實驗員，是保證試驗臺無菌環境的儀器。
3、生物安全柜是一種在微生物學、生物醫學、基因重組、動物實驗、生物制品等領域的科研、教學、臨床檢驗和生產中廣泛使用的安全設備，也是實驗室生物安全中一級防護屏障中基本的安全防護設備。
4、生物安全柜是一種負壓的凈化工作臺，正確操作生物安全柜，能夠*保護工作人員、受試樣品并防止交叉污染的發生；而超凈工作臺只是保護操作對象而不保護工作人員和實驗室環境的潔凈工作臺。因此，在微生物學和生物醫學的科研、教學、臨床檢驗和生產中，應該選擇和使用生物安全柜，而不能夠選擇和使用超凈工作臺。
注意事項
超凈臺使用壽命的長短與空氣的潔凈度有關。在溫帶地區超凈臺可在一般實驗室使用，然而在熱帶或亞熱帶地區，由大氣中含有量的花粉，或多粉塵的地區，超凈臺則宜放在較好的有雙道門的室內使用。任何情下不應將超凈臺的進風罩對著開敞的門或窗，以免影響濾清器的使用壽命。
在超凈工作臺上亦可吊裝紫外線燈，但應裝在照明燈罩之外，并錯開照明燈的排列，這樣在工作時不妨礙照明。切忌將紫外線燈裝入照明燈罩（玻璃板）里面，因為紫外線不能穿透玻璃，它的燈管是石英玻璃，而不是硅酸鹽玻璃的。
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