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微生物是指那些肉眼看不到而需要借助顯微鏡觀察的微小生物，主要包括原核微生物(如細菌)、真核微生物(如真菌、藻類和原蟲)和無細胞生物(如病毒)三大類。
微生物按結構、組成可分為三大類,即原核細菌型微生物(細菌、支原體、立克次體、衣原體、螺旋體、放線菌)、真核細菌型微生物(真菌)和非細菌型微生物(病毒)。
微生物分類是按微生物的親緣關系相似程度把微生物歸入各分類單元或分類群(taxon)，以得到一個反映微生物進化的自然分類系統、可供鑒定用的檢索表以及可給出符合邏輯的名稱的命名系統。所以微生物分類的具體任務就是分類(classification)、鑒定(identification)與命名(nomenclature)。
微生物形體微小與發生變異等特點微生物分類帶來了許多困難。加之，由于微生物的進化關系一般較難搞清楚，因此在微生物分類中或多或少地摻雜有人為和主觀的因素。正因為這樣，數值分類和遺傳分類等一些比較客現、可信度較高的分類法，在微生物分類中已得到越來越廣泛的應用，尤其是遺傳分類法。。
進行微生物分類鑒定前，首先必須獲得該微生物的純培養物，然后根據一系列分類特征進行鑒定。一般是先根據形態特征鑒別其屬于哪一個大類(細菌、放線菌、酵母菌或霉菌)；再根據其生理生化特征、生態特征、免疫特征和遺傳特征等，借助于檢索表或鑒定手冊來依次確定是屬于哪個目、科、屬、種；最后與該種的模式種(type species)加以比較并命名。
第一節 微生物的分類單元
與其他生物的分類一樣，微生物分類的基本單元也是種(species)。微生物種是顯示高度相似性、親緣關系極其接近、與其他種有明顯差異的一群菌株的總稱。所以微生物學中的種帶有抽象的種群概念，但在具體分類之前，常用一個被定的、能代表這個種群的模式菌株或典型菌株(typestrain)作為該種的模式種來定種。模式種往往是定為一個新屬的第一個種或第一批種之一，也可以是在某一已知屬內任意定的種。
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