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液相色譜儀的系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。作為一種高精密儀器，液相色譜儀在使用過程中不按照正確方法操作的話，就容易導致一些問題。常見的有、柱壓問題、漂移問題、峰形異常問題。
下面介紹一些液相色譜儀常見的峰形以及可能的原因：
1. 未出峰
可能的原因：
a. 未成功進樣，或樣品未溶解進溶劑中，或樣品分解變質或樣品濃度太低；
b. 液相色譜儀器本身的問題：泵或者檢測器故障；
c. 流動相選擇不合適，如對于反相硅膠柱來說，若流動相極性太大，是沖不下來一些小極性的物質的，物質一直保留在柱子中,因而不出峰；
d. 檢測器不合適，如有些產品沒有紫外吸收或者吸收很弱，但是檢測還使用了UV檢測器；
2.平頭峰
可能的原因：
a. 樣品濃度過大或進樣體積太大，這個也是大多數原因；
b. 液相色譜儀檢測器設置不正確；
3.負峰
可能的原因：
a. 流動相吸收本底值過高；
b. 進樣過程中進入空氣；
c. 樣品組分的吸收低于流動相；
d. 配制樣品的溶劑與流動相不一致；
4.肩峰
可能的原因:
a. 進樣量過大，樣品濃度過高；
b. 保護柱或色譜柱柱頭堵塞；
c. 保護拄或色譜柱污染或失效；
d. 色譜柱柱頭塌陷；
5.裂峰
可能的原因：
a. 溶劑效應：溶解樣品用的溶劑和起始流動相極性相差太大；
b. 保護柱或色譜柱柱頭堵塞；
c. 保護拄或色譜柱污染或失效；
d. 色譜柱柱頭塌陷；
6.鬼峰
可能的原因：
鬼峰（ghost peak）是在某個譜圖里出現，可能同樣的條件再做一次又不出現了，時有時無的峰。
a. 進樣閥殘余峰，在每次進完樣后用充足的時間來平衡和清洗系統；
b. 樣品中存在未知物，改進樣品的預處理；
c. 流動相污染，更換新流動相（或者換品牌）；盡可能現配現用,隔夜的流動相再次使用時要過濾；
d. 流路中有小的氣泡，打開Purge閥，加大流速排除；
7. 前伸峰
可能的原因：
a. 進樣量或樣品濃度高；
b. 溶解樣品的溶劑比流動相極性強；
c. 保護拄或色譜柱污染或失效；
d. 流動相不合適，更換新流動相（調pH或換種類、比例等）；
8. 拖尾峰
可能的原因：
a. 進樣量或樣品濃度高；
b. 流動相不合適，更換新流動相（調pH或換種類、比例等）；
c. 硅羥基作用：加入三乙胺，用堿致鈍化柱增加緩沖液或鹽的濃度降低流動相pH值，鈍化樣品；
d. 柱內燒結不銹鋼失效：更換燒結不銹鋼，加在線過濾器,過濾樣品；
e. 色譜柱柱頭塌陷或柱效下降：更換色譜柱
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