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在選用色譜柱時，應充分考慮所分析樣品的極性大小、化合物的種類數量、結構特征。根據化合物的性質，選擇合適的色譜柱和分析條件。不同類型的色譜柱使用的流動相不同，使用錯誤的流動相會降低柱效，損傷柱子。如分析極性較大的多糖類成分，應當采用親水性的反相填料。對于**使用的色譜柱，還應按照廠家的出廠說明對色譜柱進行低流速的沖洗活化，活化后的色譜填料共價鍵鍵合力增強，柱效提高，壽命延長。
樣品的準備與預處理
我們的經驗是樣品純化得越干凈，色譜柱的使用壽命越長。許多樣品，尤其是生物樣品，組份非常復雜，對色譜柱的損傷性較大，不經預處理的樣品直接分析，會嚴重縮短色譜柱的使用壽命。因此，在樣品的準備時需對樣品進行預處理，包括準備溶劑的選擇、樣品過濾等。
制樣溶劑的選擇
制樣溶劑通常需要考慮樣品的溶解性、與流動相的相溶性、色譜填料的適用性等方面。這類溶劑需對樣品有較大的溶解性，而且與流動相溶，洗脫強度*好低于流動相或梯度洗脫中的起始流動相，以免影響樣品分離。目前許多手性色譜柱都禁止使用DMSO、四氫呋喃、氯仿等溶解樣品，這些溶劑會破壞固定相的結構，從而縮短色譜柱的使用壽命。此外，制樣溶劑還應與色譜系統其他部件如高壓泵、進樣器等相適用。
色譜柱按用途可分為分析型和制備型兩類
①常規分析柱（常量柱），內徑2~5mm,柱長10~30cm；
②窄徑柱（narrowbore），內徑1~2mm，柱長10~20cm；
③毛細管柱（又稱微柱microcolumn），內徑0.2~0.5mm；
④半制備柱，內徑＞5mm；
⑤實驗室制備柱，內徑20~40mm，柱長10~30cm；
⑥生產制備柱內徑可達幾十厘米。
色譜柱的性能除了與固定相性能有關外，還與填充技術有關。在正常條件下，填料粒度>20um時，干法填充制備柱較為合適；顆粒<20um時，濕法填充較為理想。填充方法一般有四種：
①高壓勻漿法，多有用于分析柱和小規模制備柱的填充；
③軸向加壓法，主要用于裝填大直徑柱；
④干法，柱填充的技術性強，大多數實驗室使用己填充好的商品柱。
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