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高壓蒸汽滅菌雖然具有滅菌速度快、效果可靠、溫度高、穿透力強等優點,但如果使用不當,亦可導致滅菌的失敗。
高壓滅菌器滅菌時間控制：
高壓滅菌器總時間包括：熱力穿透時間，即從消毒柜內達到滅菌溫度至消毒物品中心部位亦達到滅菌溫度所需時間。時間的長短取決于消毒物品的性質、包裝的大小,放置位置和高壓鍋內空氣排空程度和滅菌器的種類。消毒維持時間，即殺滅微生物所需的時間，一般用殺滅脂肪嗜熱桿菌芽胞所需時間來表示。在115℃時需30分鐘，121℃時需12分鐘，132℃時需2分鐘。安全時間，一般為維持時間的一半，其長短視消毒物品而定。對易導熱的金屬器材的滅菌，不需要安全時間。
滅菌后消毒物品干燥,指示劑達到滅菌要求時即可出鍋
取無菌物品時,要嚴格無菌操作,開蓋物品先將蓋蓋好,貯槽關閉好通氣孔。物品應貯放在離地面食，離頂不少于食,離墻反‘處,以減少來自地面、屋頂與墻壁的污染。同時應分類放置、順序發放取用。超過有效期炎熱潮濕季節一般不超過七天、寒冷干燥季節可延長至天的物品應停止發放。
一般而言，滅菌溫度越低，高壓滅菌器需要的滅菌時間越長；滅菌溫度越高，高壓滅菌器需要的滅菌時間越短。但是壓力蒸汽滅菌的時間，要從高壓滅菌器柜室內達到滅菌要求溫度時算起，直至滅菌完成為止。
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