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1、指示活性污泥性質
1、污泥惡化
活性污泥絮凝體較小，往往在0.1～0.2mm以下。主要出現以下優勢原生動物：豆形蟲屬、腎形蟲屬、草履蟲屬、瞬目蟲屬、波豆蟲屬、尾滴蟲屬、滴蟲屬等。這些都屬于快速游泳型的種屬。污泥嚴重惡化時，微型動物幾乎不出現，細菌大量分散，活性污泥的凝聚、沉降能力下降，處理能力差。
2、污泥解體
絮凝體細小，有些似針狀分散。主要的優勢原生動物有：變形蟲屬、簡便蟲屬等肉足類。
3、污泥膨脹
活性污泥沉降性能差，SVI值高。由于絲狀菌的大量生長，出現能攝食絲狀菌的裸口目旋毛科、全毛類原生動物及擬輪毛蟲等。
4、污泥從惡化恢復到正常
通過反應參數和環境的改變，活性污泥從惡化狀態恢復到正常的過渡期常常有下列原生動物出現：漫游蟲屬、斜葉蟲屬、管葉蟲屬等，這些都屬于慢速游泳或匍匐行進的生物。
5、污泥良好
易成絮體，活性高，沉降性能好。出現的優勢原生動物為：鐘蟲屬、累枝蟲屬、蓋蟲屬、有肋盾纖蟲屬、獨縮蟲屬、各種吸管蟲類、輪蟲類、寡毛類等這些均屬于固著性種屬或者匍匐性種屬。
2、指示反應操作環境
1、優勢種屬
Modoni在1988年對污水處理廠進行這方面的研究，總結出：高負荷、曝氣量相對不足時，小鞭毛蟲占優勢；過短的水力停留時間，造成小的游泳型纖毛蟲占優勢；非常高的負荷或存在難降解的物質時，出現小的裸變形蟲和鞭毛蟲；大量出現匍匐性和固著性纖毛蟲或有殼變形蟲時，表明運行環境良好，處理效果好。另外有研究證明，溶解氧不足易出現阿托氏菌屬、扭頭蟲屬和新態蟲屬等；而過分曝氣則出現肉足類及輪蟲類；有機負荷很低，出現硝化作用時，能觀察到游仆蟲屬、旋口蟲屬、表殼蟲屬、鱗殼蟲屬及輪蟲等；在除氮污水廠，低負荷，長水力停留時間及高溶解氧的場合，有殼變形蟲是best的指示生物。
2、形態變化
在一定條件下，原生動物能分泌膠質并形成膜將蟲體包圍起來，形成孢囊。大多數孢囊用以保護蟲體免受不利的環境因素(如溫度不適，pH值變化，食料短缺等)的影響。待環境轉好時，蟲體能恢復活力，脫孢而出。同樣，鞭毛蟲的鞭毛在條件不利時，鞭毛消失，條件適宜時，又重新生出。當曝氣池中溶解氧降低到1mg/L以下時，鐘蟲生活不正常，體內伸縮泡會脹得很大，頂端突進一個氣泡，蟲體很快會死亡；當pH值突然發生變化超過正常范圍，鐘蟲表現為不活躍，纖毛環停止擺動，蟲體收縮成團。所以雖然觀察到鐘蟲數量較大，但蟲體萎靡或變形時，則反映出細菌的活力在衰退，污水處理效果有變差的趨勢。
3、生殖方式
原生動物的生殖方式有無性生殖和有性生殖。無性生殖即簡單的細胞分裂，細胞核和原生質一分為二。在營養、溫度、氧等環境條件良好的場合，原生動物就進行連續的無性生殖。當出現有性生殖(接合生殖)時，往往預示環境條件變差或種群已處于衰老期。
3、估計有機負荷
有機負荷的變化會導致原生動物的結構和數量變化，尤其是纖毛蟲屬。通過觀察微生物的組成和數量，就能預測污水廠運行的有機負荷。
4、預測出水水質
通過對活性污泥曝氣池中的原生動物的調查，發現雖然原生動物對環境適應的范圍較寬，但合適、數量多的是集中在一個狹小的范圍。根據這一特征，將出水BOD分為4個等級：0～10mg/L，11～20mg/L，21～30mg/L，>30mg/L。在生產運行過程時，只要觀察原生動物的構成情況，即可以預測出水BOD了。實踐證明，有柄纖毛蟲的數量和質量是預測出水水質重要的原生動物。
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