傳統的PCR進行檢測時，擴增反應后需要進行染色處理及電泳分離，并且只能作定性分析，不能準確定量，易造成污染出現假陽性，使其應用受到限制。實時定量PCR技術不僅實現了對模板的定量，且具有靈敏度高、特異性和可靠性更好、自動化程度高和無污染的特點，使得熒光定量PCR逐漸取代常規PCR。 

在PCR擴增反應的初數個循環里，熒光信號變化不大，接近一條直線，這樣的直線即是基線，這條線是可以自動生成也可以手動設置的。之后反應會進入指數增長期，這個期間擴增曲線具有高度重復性，在該期間，可設定一條熒光閾值線，它可以設定在熒光信號指數擴增階段任意位置上，但一般會將熒光閾值的缺省設置是 3-15 個循環的熒光信號的標準偏差的10 倍。每個反應管內的熒光信號到達設定的閾值時所經歷的循環數被稱為CT值，這個值與起始濃度的對數成線性關系，且該值具有重現性。

Ct值大的意義就是用來計算目的基因的表達量，此時就有兩個概念容易被提及，那就是定量和相對定量，定量的目的是測定目的基因在樣本中的分子數目，即通常所說的拷貝數。相對定量的目的是測定目的基因在兩個或多個樣本中的含量的相對比例，而不需要知道它們在每個樣本中的拷貝數。
Ct值誠然可以被利用來計算這兩種定量結果，但是定量實驗必須使用已知拷貝數的標準品，必須做標準曲線。相對定量可以做標準曲線，也可以不做標準曲線。標準品制作困難難以獲取，實驗室基本都是選擇相對定量的方法來計算相對基因表達量。