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對于氣相質譜（GS/MS）來說，離子源主要有電子轟擊電離源（EI）、化學電離源（CI）、場致電離源（FI）及場解吸電離源（FD）。介紹如下：
EI的優點：
EI的缺點：
2、化學電離源（CI）
CI的優點：
CI的缺點：
3、場致電離源/場解電離源（FI/FD）
FI/FD的優點：
FI/FD的缺點：
1、電子轟擊離子源（EI）
EI源主要由電離室（離子盒）、燈絲、離子聚焦透鏡和一對磁極組成。燈絲發射電子，經聚焦并在磁場作用下穿過離子余弦定理到達收集極。此時進入離子化室的樣品分子在一定能量電子的作用下發生電離，離子被聚焦、加速聚焦成離子束進入質量分析器。
EI的優點：
非選擇性電離，只要樣品能氣化都能夠離子化；離子化效率高，靈敏度高；EI譜白日做提供豐富的結構信息，是化合物的“指紋譜”；有龐大的標準譜庫供檢索，譜圖是在70eV條件下獲得的，譜圖重復性好，被稱作經典的EI譜（是指譜圖中同位素峰的比例能反映構成該離子的天然同位素豐度分布規律。
EI的缺點：
樣品必須能氣化，不適于難揮發，熱不穩定的樣品；有的化合物在EI方式下分子離子不穩定易碎裂，得不到分子量信息，譜圖復雜解釋有一定困難；EI方式只能檢測正離子，不檢測負離子。
2、化學電離源（CI）
CI和EI一樣，燈絲發射的電子使中性分子電離，不同的是樣品和反應試劑一起進入離子化室，反應所濃度高于樣品濃度，首先電離的是反應試劑中性分子，由于壓力較高，發生離子-分子反應，產生各種活性反應離子，這些離子與樣品分子再發生離子-分子反應，實現樣品分子電離。常用的反應氣試劑有甲烷、異丁烷、氨氣等.
CI的優點：
CI不僅是獲得分子量信息的重要手段，還可通過控制反應，根據離子親和力和電負性選擇不同的反應試劑，用于不同化合物的選擇性檢測。
CI的缺點：
和EI一樣要樣品必須能氣化，不適于難揮發，熱不穩定的樣品；而且CI譜圖重現性不如EI，沒有標準譜庫。另外反應試劑易形成較高本低，影響檢測限。反應試劑的壓力需要摸索。
3、場致電離源/場解電離源（FI/FD）
由一個電極和一組聚焦透鏡組成，電壓高達幾千伏的電極形成一強電場，氣態的樣品被導入離子區，在強電場作用下使氣態分子的電子被拉出電離，形成的離子不會有過剩的能量，因此電子幾乎不再進一步裂解FD源，將樣品涂在長晶須的電極上，通過電流加熱使樣品吸解并在強電場作用下發生電離。
FI/FD的優點：
只有分子離子幾乎沒有碎片離子，而且沒有反應試劑形成的本底，譜圖比EI圖更為簡潔。適合于聚合物和同系物的分子量測定，尤其是烴類混合物中各類烴分子量測定。結合高分辨質譜能給出元素組成，從而獲得分子式，對化合物鑒定非常有利。
FI/FD的缺點：
和EI、CI一樣要樣品必須能氣化，不適于難揮發，熱不穩定的樣品。FD雖然可解決樣品不易氣化和熱不穩定問題，但FD源的發射絲需要活化成本較高，重現性較差；靈敏度差，別外高電壓易發生放電效應，操作難。同時四極桿和離子阱質譜是不能配置FI源。
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