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氣相色譜儀中有種是毛細管色譜柱，常簡稱為毛細柱，毛細柱在使用上有很多的便利之處。毛細管色譜柱從當初的玻璃毛細管發展到熔融彈性石英毛細管柱，提高了柱的柔軟性、撓曲性，安裝使用極為方便。其固定相由非交聯的變為交聯的，髙使用溫度提髙了20?30℃,并降低了柱流失。目前，已經有400?450℃髙溫色譜柱和相適應的柱箱。
結構原理
毛細管柱氣相色譜儀比填充柱色譜前面多了一個分流/不分流裝置，柱后多了一個尾吹氣路。增加分流/不分流是為了防止毛細管柱(玻璃材質)超負荷，通過分流可以讓氣化室的樣品很少一部分進入柱子，其余的被分流放空。以保護毛細管柱。
尾吹可以減少從毛細管柱流出物質在柱后的“停留”時間，以保證載氣流量和減小樣品通過柱子的時間，從而提高效率。
使用毛細柱分析的注意事項
1、載氣中若夾帶灰塵或其它顆粒狀物體就可能導致色譜柱迅速損壞，同時還應注意不能讓微粒或灰塵進入汽化室，因此在載氣進入儀器管路前必需凈化器;
2、載氣中的水分通過固定液的液膜吸附在體內表面上，將會取代或破壞固定液液膜，所以，固定液極性越強，越需要采用干燥的載氣，例如：象OV-1、SE-30、SE-54、OV-101對載氣干燥要求不高，而PEG20M、FFAP和SP1000對載氣要求就很高。但在涂布于碳酸鋇沉積層上的柱子情況就恰恰相反，涂極性固定液的柱子能經受含水樣品的直接進樣，而涂非極性固定液的柱反而不能經受含水樣品。但不管如何，載氣進入管路前*好都應進行脫水處理;
3、無載氣通過時，柱的固定液熱分解較迅速。所安裝調試人員和培訓工程師定會對操作人員強調：在柱箱(爐)升溫前一定要先通上載氣(這與TCD操作要求相似)，在柱箱冷卻后方能關載氣。
4、水、醇(尤其是甲醇)、二硫化碳這類的溶劑，有著非常強的置換固定液的能力，因此用于有意將相當大量的溶劑聚集在柱上(溶劑效應)的不分流進樣法以及柱上進樣法的溶劑，應根據它們對柱壁的吸附親和力(或固定液被置換的可能性)小心的加以選擇。(例如：甲醇不宜用于PEG20M,丙酮往往會引起引起硅酮降解。)
5、毛細管柱*大特點是高柱效，但是柱效不僅反映了柱本身的質量，而且還包括進樣過程的整個系統總效率，也就是說，自樣品進入系統的一瞬間開始到出峰為止，每一個能影響峰寬或分離效果的因素，如進樣器、柱的連接、輔助氣引入位置、管路死體積、進樣器內襯的毛病等等，都一定會影響柱效。
6、對于那些能被氧化的固定液(如PEG-20M、Carbowax、FFAP等)，對載氣除氧也很重要，由于N2和He中含O2較高，而H2中含O2少，所以，ECD、FID常用高純N2作載氣，TCD用H2作載氣。同時，停機使用時，應將排空端密封住，以防止空氣中的氧氣對色譜柱固定液的氧化作用。三氣路氣體凈化器即專門為以上幾點原因開發，可以根據不同需要裝填不同凈化劑，進行過濾、脫水、除氧除有機物。
7、在大多數情況下，柱的壽命與它的使用溫度成反比。采用稍低些的溫度上限，可顯著提高柱的壽命，程序升溫到較高溫度所維持的時間越短對柱的壽命影響越小。(見本頁附表)
8、一根好的柱子，由于安裝不當，可以造成理論塔板數降低，峰形增寬或拖尾、活性物質的吸附性拖尾或消失、靈敏度降低或組分分離不佳等等。
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