Frauhofer植物計算機斷層掃描表型成像系統采用微焦點X射線成像原理進行超高分辨率三維成像,可以在不破壞樣品(無需染色、無需切片)的情況下,獲得高精度三維圖像,顯示樣品內部詳盡的三維信息,并進行結構、密度的定量分析,適用于觀察植物化石樣品結構和植物活體組織的細胞結構,近年來被廣泛應用于結構學、組織學、生物學特別是古生物學等研究領域,例如花、果實、種子、根系等研究。
Frauhofer研究院是世界的應用技術研究院,很多工業技術都源自于該研究所。Frauhofer專門成立的植物表型CT研究組致力于CT技術應用在植物的表型研究上。與傳統醫學CT不同,植物CT研究需要*算法和軟件等。Frauhofer研究院在該研究領域位于世界前沿。
Frauhofer植物根系計算機CT斷層掃描系統
基于X光的計算機斷層掃描技術(CT)廣泛應用于科學研究各個領域,如制藥、納米科學、材料科學以及植物科學等領域。得益于X光CT技術,在農業以及植物科研進展也十分迅速。X光CT成像方法使得高通量、無損、無干擾測量植物根系統成為可能,也使得植物生長期間對下游復雜機制的研究成為可能。到目前為止,已經采集到大量植物CT掃描數據,但如何有效、對其進行分析,還面臨著挑戰。科研人員經過對植物根系3DCT斷層掃描的有效的統計以及計算方法進行了回顧?;趫D像的植物根系分析方法劃分如下(1)根分區切割,例如,(1)將根系與非根背景區分;(2)根系統重建;(3) 提取高層級表型性狀。
Frauhofer植物計算機斷層掃描系統優點
1.該無損監測系統可適用于不同植物
2.系統可快速有效掃描全植株
3.借助溫室以及數個環境箱,可模擬真實環境條件
氣候變化的后果極其復雜,對發展中國家影響更大。例如,氣溫上升可使一些區域不適合居住,切斷了當地居民獲得水源的主要通道。即便發達國家也難以逃脫氣候變化影響,被迫改變思維方式-特別是農業的思維方式迫在眉睫?,F代植物栽培種不能快速適應氣候變化影響,農民需要栽種能調整適應了當地主要條件的植物品種。這是為何研究者X光研發技術中心EZRT專注于無損監測以及植物分析。
許多植物品系(如土豆、小麥、水稻和木薯)都在努力適應世界氣候條件變化條件。要尋找到適當應對應用環境條件改變的方式,Frauhofer研究人員分析了不同植物品系如何應對環境沖擊。表型是一種鑒別植物的方式,例如,鑒別在高溫條件下仍能有足夠產量的植物。
實際環境下植物分析
理論上,人們可在田間通過人工視覺簡單觀測植物。但該方法為主觀方法,并不。如果一個人連續觀測數百個植株,很容易看出趨勢,但結果總是不同。因此,研究人員選擇使用非破壞性監測系統,Oliver Scholz教授,X光技術研發中心的系統研究組負責人表示。要生成有意義數據,研究人員需要分析多個品系的各數十株植物。該研究所位于Fürth的基地針對此研究配備了一個專門溫室以及數個環境箱,用以模擬限定氣候條件。研究者直接讀取并分析葉片尺寸、葉面積、傾斜以及曲率等。
鑒別高產品種
植物由地上和地下器官組成。植物健康和生殖等重要指示因子位于地上。人們可從葉片(植物太陽能電池板)收集有價值信息。光學監控技術,例如3D激光技術,非常適合觀測葉片以及其環境。利用3D植物掃描儀獲取植物3維圖像。激光可向葉片表面投射窄線。因該線沿葉片走向,相機可記錄該線的位置。幾秒鐘,即可生成數以百萬的3D坐標,用以描述葉片表面(says Scholz)。
因該所的工作涉及到長期觀測和檢測的多個系列植物,該方法生成了大量3D數據。要對來自植物的單個葉片實現對比,研究所開發了特殊的軟件程序,使用復雜過程來計算葉片主要參數,之后以更小軟件包的形式提供這些參數。研究人員從而可直接讀取并分析葉片尺寸、表面積、傾斜和曲率。生物學家獲取此類表型數據并將其與微生物學知識相關聯,從而鑒別生物機制,允許特定植物品系快速生長,即便在條件下也有足夠產量。
地下X光成像:數分鐘構建3DCT
植物地下部分,例如其根部結構和果序也可提供關于植物生物量的重要信息。光學監控技術于此已經達到極限,這是為何研究人員在此處選擇了X射線。X射線成像和顯微法近幾十年來取得了巨大進展。此技術可輕松用于檢測鋼制或其它合金材質大樣品。在現今系統上可以清楚顯示小材料缺陷,輪胎鋁輪轂或缸頭殼體,易于鑒別。但表型領域研究者面對不同的挑戰。與工業和實驗室多處應用不同,表型不僅僅關注圖像品質,成像的限制因素是成像時間,Stefan Gerth博士-革新系統設計團隊負責人表示,該所研究者開發了自己的實驗室系統,目標是在有效圖像品質和更短測量時間間取得平衡。
X光可幫助研究者看到地下情形。上圖是在不同發育階段的土豆
3D計算機斷層掃描原理:3D斷層掃描(CT)可生成諸多方向的多個X光圖像(投影)。與醫學CT掃描不一樣,工業CT系統掃描的目標經常會安裝在旋轉桌面,位于X光射線管和檢測器之間。目標繞其軸旋轉同時,記錄下投影。
測量時間影響非常大,原因是研究者通常會測量一系列產品。長時測量在時間上并不經濟,將植物長時間放在X光機內相當于將植物從其熟悉環境中“隔離”出來,嚴重影響效果的有效性。Frauhofer研究所X光技術研發中心不斷投入到優化X光系統的研究中,從而可約在5-7分鐘完成植物掃描。另外除了特別適應的硬件,研究所用的軟件作用也至關重要。因成像時間短,源數據包含很多噪音,難于處理。智能算法很大程度上對此進行了補償,可全自動將植物器官與周圍環境分離出來。
下一步,軟件自動鑒別果實和根部結構的縱橫比以及植物器官的重量。要確保聲明可靠性,研究者對試驗系列進行數周、數月的觀測。在實驗結束時,利用一段時間的柱狀圖,研究者可以弄清楚植物如何進行地下生長發育。Joelle Claussen解釋道,他已經在X光技術研發中心測量了數以千計的植物。盡管該所就檢測系列取得*的成功率,也無法*模擬溫室環境中真實的環境影響。這就是為何生物學家要在真實環境條件下對齊進行驗證的原因,Claussen表示。
在國內和商業和研究伙伴的支持下,Frauhofer研究院非常確信研究者的無損監測系統可在氣候變化情況下,提供適當應對措施。
北京博普特科技有限公司是Frauhofer植物斷層掃描系統的中國區代理,負責其系列產品在中國的推廣、銷售和售后服務。
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