方差分析缺區(qū)的情況下，試驗(yàn)中的受影響的效應(yīng)、自由度、SS等需要調(diào)整，多重比較也應(yīng)該進(jìn)行相應(yīng)的調(diào)整，以LSD為例，

如果試驗(yàn)沒有缺區(qū)，

如果有缺區(qū)，

MSE是試驗(yàn)誤差。

為了看的更清楚，分別給出農(nóng)博士育種家軟件（農(nóng)博士數(shù)據(jù)采集匯總工具軟件具同樣功能）不缺區(qū)和缺1區(qū)（品種1，地點(diǎn)1，區(qū)組1，缺失1小區(qū)數(shù)據(jù)）的情況下分析對(duì)比切圖： 

一年多點(diǎn)試驗(yàn) 

不缺區(qū)時(shí)方差分析表

缺1區(qū)方差分析表

不缺區(qū)時(shí)LSD值和Duncan值

缺1區(qū)（品種1，地點(diǎn)1，區(qū)組1，缺失數(shù)據(jù)）LSD值和Duncan值

示例：上圖中，品種5和品種6比較，LSD（5%）取1.04932用于比較差異顯著性，而品種5和品種1間比較，LSD（5%）取1.08615用于比較差異顯著性。

小結(jié)：不缺區(qū)時(shí)，多重比較的LSD（5%）值，就是一個(gè)值，缺區(qū)時(shí)，要視缺區(qū)位置，計(jì)算選用調(diào)整后的LSD（5%）值。

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