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. 基因組DNA降解
（1）樣品不新鮮：雖然DNA在分子結構上較RNA穩定，但樣品在分離后細胞內的DNA酶同樣會作用于DNA分子。
（2）樣品本身富含DNA酶；
2. 得率低或無基因組DNA
（1）DNA未充分釋放：在分離到的相間沉淀中加Buffer G-A后未充分振蕩釋放DNA。
（2）Buffer W2中未加入無水乙醇：未加乙醇的Buffer W2是一種低鹽溶液，可溶解DNA。若直接用于洗滌DNA-prep Tube將會溶解并去除結合在silica膜上的DNA。
（3）DNA未充分洗脫：用于洗脫DNA的Eluent或去離子水應在使用前預熱至65℃，其體積不應小于60 μl。
3. RNA污染
在Buffer R-C分相后分離相間沉淀的時，未將下相（含RNA）*去除。
4. 生物學活性差
（1）DNA中鹽分含量高：Buffer W1含高濃度鹽離子，后續的Buffer W2洗滌是為去除鹽分設計的。操作時按說明書的參數用Buffer W2洗滌DNA-prep Tube。
（2）DNA中含乙醇：使用前用戶已在Buffer W2中加入乙醇，若洗滌時不嚴格按照說明書提供的實驗參數進行操作可能會有乙醇殘留在silica膜上。
出現問題的原因分析及解決方法
| 可能出現的問題 | 可能原因 | 建議 |
| 結合柱阻塞 | 殘留細胞碎片 | 沉淀之后，確保無原材料顆粒一起被轉移。 |
| 在把試樣轉移至結合柱上時，DNA團還沒有*溶解 | 在加入乙醇之前，確保DNA已經*溶解。這可能需要再次在65℃下水浴及旋渦振蕩。 | |
| 樣品太黏滯 | 起始原料的量不要超過建議量,或者增加試劑量,并且每個樣品用2個個或以上的結合柱。 | |
| 沉淀不* | 沉淀后，增加離心的轉速或時間。 | |
| 低DNA量 | 原材料沒有充分研碎 | 無論是干的樣品還是新鮮樣品，在加入Buffer P1之前，均要把它們制成均勻的粉粒。 |
| 組織細胞溶解不好 | 減少原材料的量，或增加試劑的量。 | |
| DNA仍然結合在結合柱上 | 把洗脫液的體積增加到200μl，并在離心之前把整個包著柱的離心管在65℃下水浴5min。 | |
| DNA被洗掉了 | 在洗滌之前，加入適當體積的無水乙醇以沖稀Wash Buffer的濃度。 | |
| 以后的應用中出現的問題 | 殘留鹽 | Wash Buffer必須在室溫下保存。 |
| 殘留乙醇 | 在第二次離心洗滌后，確保結合柱在極速離心2min的情況下已經干了。 |
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