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開始使用流式細胞儀，第一步是準備要分析的樣品。從細胞培養物，血液或分解的組織中獲得的細胞應制成懸浮液。將該細胞懸浮液分成數個試管進行染色，保留未染色細胞作為對照。通過添加標記有熒光探針的抗體或染色細胞成分的染料對其他細胞樣品染色。分析細胞內蛋白質時，首先必須將細胞固定（使用福爾馬林緩沖液）并進行透化（使用透化劑），以使抗體和染料進入細胞。細胞與抗體或染料孵育后，將細胞在緩沖液中洗滌，然后重懸在基于鹽的緩沖液中進行分析。然后將準備好的樣品引入流式細胞儀。

細胞分選原理：

在壓電晶體上加上頻率為30kHz的信號，使之產生同頻率的機械振動，流動室也隨之振動，這樣通過測量區的液柱斷裂成一連串均勻的液滴。

在細胞形成液滴以前，各類細胞的特性已在測量區被測定并儲存。如果其特性與要分選的細胞相同時，儀器就在這類細胞形成液滴時給該液滴充與指定的電荷，這樣，當被選定的細胞形成液滴時就帶有特定的電荷，未被選定的細胞形成的細胞液滴及不含細胞的空白液滴不被充電，也就不帶電荷。

帶有電荷的液滴向下落入偏轉板間的靜電場時，依據所帶電荷符號向左或向右偏轉，落入指定的收集器內，不帶電荷的液滴不發生偏轉，垂直落入廢液槽中排出，從而實現細胞的分類。