玉米育種的主流是優(yōu)勢育種，基本途徑是先選育純合的親本自交系，再將親本自交系雜交，選育出優(yōu)勢強的雜交種。生產(chǎn)上利用的是F1代的優(yōu)勢。自交系的選育不但要求本身性狀優(yōu)良，還要求配合力高。這就大大提高了育種的難度，延長了育種的周期。不僅如此，自交系的性狀同雜交種的性狀雖然有關(guān)系，但仍然有距離，在雜交種水平上還要對農(nóng)藝性狀進行選擇鑒定，同時對主要目標性狀的優(yōu)勢水平進行比較，然后育成優(yōu)良雜交品種。
玉米育種的自交系的選育方法:
1.常規(guī)選育法
　　這種選育方法就是在分離的原始群體中選擇個體自交系，經(jīng)若干世代按目測自交選擇之后，進行配合力的測定，然后選出優(yōu)良的自交系。在育種規(guī)模不大的情況下，常規(guī)選育法，更多地依靠育種者的經(jīng)驗。
2.單倍體選系法
　　其基本原理是利用自然或人工的誘發(fā)、培育的單倍體植株經(jīng)過人工的染色體加倍或自然加倍獲得純合的二倍體，然后再從中選育優(yōu)良的單株，成為自交系。單倍體育種一般只需2年就能獲得純合的自交系，比常規(guī)方法縮短了育種的周期，對育種家有很大的吸引力。
3.輻射與化學誘變選系法
　　此種方法的誘變機理主要以損傷恢復，在恢復過程中發(fā)現(xiàn)有利的變異，因而在選擇原始材料上要兼顧遺傳基礎(chǔ)豐富和抗損傷能力強，在選系過程中要注意淘汰各種畸形株和不利變異，選擇突變性狀明顯的健康的植株。
4.分子選系法
　　所謂分子選系法是在DNA水平上開展的自交系選育，包括轉(zhuǎn)基因選系法和分子標記輔助選系法。轉(zhuǎn)基因選系就是借助遺傳轉(zhuǎn)化技術(shù)，將一些其他動植物有利的外源基因?qū)俗越幌祷螂s交種內(nèi)，育成有外源基因控制性狀的優(yōu)良自交系，這種方法對于改造玉米基因庫中不具備的某些目標性狀是致關(guān)重要的。
5.自交系的改良
　　改良自交系常用的方法是回交轉(zhuǎn)育法。回交轉(zhuǎn)育法就是以被改良的自交系為輪回親本，以目的基因供體親本為非輪回親本，經(jīng)過5代以上的回交改良和1~2代的自交穩(wěn)定后，就可以育成新的改良自交系。回交效果的好壞同目標性狀的遺傳方式有關(guān)，一般回交法對簡單性狀或單基因控制的性狀以及細胞質(zhì)遺傳性狀較有效，對復雜性狀效果差。