1、持鏡時必須是右手握臂、左手托座的姿勢，不可單手提取，以免零件脫落或碰撞到其它地方。
2、輕拿輕放，不可把顯微鏡放置在實驗臺的邊緣，應放在距邊緣10cm處，以免碰翻落地。
3、保持顯微鏡的清潔，光學和照明部分只能用擦鏡紙擦拭，切忌口吹手抹或用布擦，機械部分用布擦拭。
4、水滴、酒精或其它藥品切勿接觸鏡頭和鏡臺，如果沾污應立即用擦鏡紙擦凈。
5、放置玻片標本時要對準通光孔中央，且不能反放玻片，防止壓壞玻片或碰壞物鏡。
6、要養成兩眼同時睜開觀察的習慣，以左眼觀察視野，右眼用以繪圖。
7、不要隨意取下目鏡，以防止塵土落入物鏡，也不要任意拆卸各種零件，以防損壞。
8、使用完畢后，必須復原才能放回鏡箱內，其步驟是：取下標本片，轉動旋轉器使鏡頭離開通光孔，下降鏡臺，平放反光鏡，下降集光器、關閉光圈，推片器回位，蓋上綢布和外罩，放回實驗臺柜內。
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