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擴大生產規模時，與小批量生產相比，生產磁珠的問題之一是大批量生產可能會導致更大且不成比例的磁珠損耗，即使磁珠的生產條件與小批量的生產過程相似，似乎也會發生這種情況。通常情況下，當放大生產工藝的規模，會有更高的生產效率，但當使用傳統的磁性分離器放大磁珠生產規模時，實際情況卻并非如此。

到底是怎么回事？當使用傳統（非均勻）分離裝置時，磁場會隨著與磁體距離的增大而減小。磁力與磁場變化有關，因此也會隨著與磁體距離的增加而減小。當放大磁珠處理的規模時，與磁鐵距離會增加，但磁鐵的重量卻不能按比例增加以抵消這個距離。更糟糕的是，隨著磁體體積的增加，磁力和磁場通常會以不同（不可控）的比例變大和增強。

上面情況所導致的結果是，在較大的批量中，遠離磁體的磁珠承受的力較小。較低的力會增加分離過程中磁珠的損失，并且（由于它們附著在磁珠上）還會增加生物分子的損失。如果要克服這些不可控的隱患和問題，則需要等待更長的時間，以使更遠的磁珠進入保留區域。但是，如果這樣做的話，靠近磁體的磁珠將在更長的時間內承受強大的磁力，從而增加了磁珠聚集的可能性。因此，必須平衡由于磁體距離而造成的材料損失和由于聚集而引起的功能損失。

克服由上述問題引起損失的方法是從使用傳統（非均勻）生物磁分離裝置改為新的均勻的分離設備，是不論磁珠與磁體的距離如何，都能產生均勻磁力的新裝置。

這種假設是，當擴大生產工藝規模時，將獲得更高的效率；但這種情況并不會發生在使用傳統的磁性分離器擴大磁珠量產的場景中。