菌落計數器有手動與自動之分，手動也就是由由計數器、探筆、計數池等部分組成；一般使用單位計數不是很頻繁，培養的菌體不超過3位數，基本都采用手動就行了；自動菌落技術器有兩種，分別為與可與電腦聯系，配有系統軟件，可將培養皿放在儀器上面由電腦里系統軟件識別，計數可以以鼠標點擊等方式計數，計數完了可出具數據報告，另一種就是可以在前一種的檢測方式上同時還可以檢測抑菌圈，大腸桿菌，螺旋分析的功能，一般需要出具數據報告分析及需要進行其他，如抑菌圈測定和大腸桿菌測定的就可以采用全自動的菌落計數儀。
菌落計數器的應用領域：
醫院
疾病控制，衛生檢驗中心
檢驗檢疫局
質量技術監督局
大學：食品科學與工程 微生物 發酵 免疫 醫學檢驗 公共衛生
科學院，研究機構
環境監測部門
自來水公司
制藥企業：生物制藥，化學制藥，抗生素企業
化妝品企業
食品企業
(1)飲料(2)飲用水(3)乳品(4)保健食品(5)糕點糖果(6)膨化食品(7)食品添加劑(8)糧食及其制品(9)酒類(10)調味品(11)微生態
保健食品
消毒劑、消毒器械：(1)消毒劑(2)消毒器械(3)生物指示劑(4)化學指示劑(5)滅菌包裝物
一次性使用醫療用品
(1)輸注類(2)導管類(3)診斷、治療器具類(4)透析器具類(5)麻醉器具類(6)手術巾、敷料類(7)護理器材類
衛生用品(1)衛生巾(2)尿布(3)皮膚、粘膜衛生用品(4)隱形眼睛護理用品(5)其他的一次性衛生用品
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