掃描電子顯微鏡的優勢為可以直接觀察非常粗糙的樣品表面，參差起伏的材料原始斷口。但其劣勢為樣品必須在真空環境下觀察，因此對樣品有一些特殊要求,籠統的講：干燥,無油,導電.
掃描電子顯微鏡的操作流程
(1) 放樣品：
點擊Vent放氣后緩慢打開樣品室，將樣品用導電膠固定在載物臺上，為了能在電鏡下快速準確地找到樣品的像，可提前對樣品進行標記，樣品放好后關緊樣品室的門，否則可能會影響抽真空的效果；
(2) 調整樣品的位置：
長按鼠標中鍵即顯示指向箭頭，向上拖動箭頭升高樣品臺至10mm處， 點擊屏幕右側coordinates將Z軸鎖死；(操作熟練者也可以直接輸入樣品坐標，新手不建議因為對位置判斷不準確可能會撞壞鏡頭)
(3) 抽真空：
點擊PUMP抽真空至<10-3Pa(真空度由儀器性能決定)；
(4) 發射電子束：
待真空度滿足要求后點擊Beam on 加高壓打電子束至樣品表面；
(5) 觀察：
v模式選擇：SE(二次電子)和BSE(背散射電子)是掃描電鏡成像的基礎信號，掃描電鏡提供二次電子(SE)和背散射電子(BSE)兩種模式供使用者選擇，二者區別是：二次電子能量低，主要反映試樣表面厚度為50~100Å的形貌特征，背散射電子比二次電子能量高，分辨率差，背散射電子的信號強度隨原子序數的增大而增強，背散射電子反映試樣表面50-200nm深度的試樣的成分分布形貌，使用者在選擇時可以根據樣品特征選擇適合的拍照模式；
調焦：使用鼠標右鍵在高倍下調焦，調焦過程中先大幅度調節確定調整方向，然后微調獲得最清晰的像；
改善圖片質量：可以通過點擊Stigmator進行色散校正，Beam shift進行光束漂移校正以及調對比度和亮度獲得符合要求的照片；
拍照：點擊Image Acqusition進行拍照，低倍下看全貌，高倍下看細節，拍照時可以設置拍照時間，建議低倍下可以快速拍，高倍下拍照速度過快會影響圖片質量，將照片命名好并保存在自己想要的位置；
(6) 取樣：
點擊Beam on 關閉電子束；
解鎖Z軸，將樣品臺調至原位，可點擊Stage-home stage自動歸位，也可手動拖動鼠標中鍵調節；
點擊Vent放氣后取樣，取樣后點擊PUMP抽真空至<10-3Pa保證樣品室處于真空狀態；
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