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ABIpcr儀反應體系與反應條件 標準的PCR反應體系： 10×擴增緩沖液   10ul 4種dNTP混合物   各200umol/L 引物        各10～100pmol 模板DNA       0.1～2ug Taq DNA聚合酶   2.5u Mg2+       1.5mmol/L 加雙或三蒸水至   100ul PCR反應五要素： 參加PCR反應的物質主要有五種即引物、酶、dNTP、模板和Mg2+ 引物： 引物是PCR特異性反應的關鍵，PCR 產物的特異性取決于引物與模板DNA互補的程度。
 理論上，只要知道任何一段模板DNA序列，就能按其設計互補的寡核苷酸鏈做引物，利用PCR就可將模板DNA在體外大量擴增。
  設計引物應遵循以下原則： ①引物長度： 15-30bp，常用為20bp左右。
  ②引物擴增跨度： 以200-500bp為宜，特定條件下可擴增長至10kb的片段。
  ③引物堿基：G+C含量以40-60%為宜，G+C太少擴增效果不佳，G+C過多易出現非特異條帶。
ATGC好隨機分布，避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
  ④避免引物內部出現二級結構，避免兩條引物間互補，特別是3’端的互補，否則會形成引物二聚體，產生非特異的擴增條帶。
  ⑤引物3’端的堿基，特別是末及倒數第二個堿基，應嚴格要求配對，以避免因末端堿基不配對而導致PCR失敗。
  ⑥引物中有或能加上合適的酶切位點，被擴增的靶序列好有適宜的酶切位點，這對酶切分析或分子克隆很有好處。
  ⑦引物的特異性：引物應與核酸序列數據庫的其它序列無明顯同源性。
  引物量： 每條引物的濃度0.1～1umol或10～100pmol，以低引物量產生所需要的結果為好，引物濃度偏高會引起錯配和非特異性擴增，且可增加引物之間形成二聚體的機會。
  酶及其濃度 目前有兩種Taq DNA聚合酶供應， 一種是從棲熱水生桿菌中提純的天然酶，另一種為大腸菌合成的基因工程酶。
 催化一典型的PCR反應約需酶量2.5U(指總反應體積為100ul時)，濃度過高可引起非特異性擴增，濃度過低則合成產物量減少。
  dNTP的質量與濃度 dNTP的質量與濃度和PCR擴增效率有密切關系，dNTP粉呈顆粒狀，如保存不當易變性失去生物學活性。
dNTP溶液呈酸性，使用時應配成高濃度后，以1M NaOH或1M Tris。
HCL的緩沖液將其PH調節到7.0～7.5，小量分裝， -20℃冰凍保存。
 多次凍融會使dNTP降解。
 在PCR反應中，dNTP應為50～200umol/L，尤其是注意4種dNTP的濃度要相等( 等摩爾配制)，如其中任何一種濃度不同于其它幾種時(偏高或偏低)，就會引起錯配。
 濃度過低又會降低PCR產物的產量。
dNTP能與Mg2+結合，使游離的Mg2+濃度降低。
  模板(靶基因)核酸 模板核酸的量與純化程度，是PCR成敗與否的關鍵環節之一，傳統的DNA純化方法通常采用SDS和蛋白酶K來消化處理標本。
SDS的主要功能是： 溶解細胞膜上的脂類與蛋白質，因而溶解膜蛋白而破壞細胞膜，并解離細胞中的核蛋白，SDS 還能與蛋白質結合而沉淀；蛋白酶K能水解消化蛋白質，特別是與DNA結合的組蛋白，再用有機溶劑酚與抽提掉蛋白質和其它細胞組份，用乙醇或異丙醇沉淀 核酸。
 提取的核酸即可作為模板用于PCR反應。
 一般臨床檢測標本，可采用快速簡便的方法溶解細胞，裂解病原體，消化除去染色體的蛋白質使靶基因游離，直接 用于PCR擴增。
RNA模板提取一般采用異胍或蛋白酶K法，要防止RNase降解RNA。
  Mg2+濃度 Mg2+對PCR擴增的特異性和產量有顯著的影響，在一般的PCR反應中，各種dNTP濃度為200umol/L時，Mg2+濃度為1.5～2.0mmol/L為宜。
Mg2+濃度過高，反應特異性降低，出現非特異擴增，濃度過低會降低Taq DNA聚合酶的活性，使反應產物減少。

ABIpcr儀 - 工作原理；
類似于DNA的天然復制過程，其特異性依賴于與靶序列兩端互補的寡核苷酸引物。
PCR由變性--退火--延伸三個基本反應步驟構成：①模板DNA的變性：模板DNA經加熱至93℃左右一定時  聚合酶鏈式反應間后，使模板DNA雙鏈或經PCR擴增形成的雙鏈DNA解離，使之成為單鏈，以便它與引物結合，為下輪反應作準備；②模板DNA與引物的退火(復性)：模板DNA經加熱變性成單鏈后，溫度降至55℃左右，引物與模板DNA單鏈的互補序列配對結合；③引物的延伸：DNA模板--引物結合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP為反應原料，靶序列為模板，按堿基配對與半保留復制原理，合成一條新的與模板DNA鏈互補的半保留復制鏈重復循環變性--退火--延伸三過程，就可獲得更多的“半保留復制鏈”，而且這種新鏈又可成為下次循環的模板。
 每完成一個循環需2～4分鐘，2～3小時就能將待擴目的基因擴增放大幾百萬倍。

ABIpcr儀熒光化學 
熒光定量PCR所使用的熒光化學可分為兩種：熒光探針和熒光染料。
 現將其原理簡述如下：
1）熒光探針：PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。
 探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；PCR擴增時，Taq酶的5'－3'外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成*同步。