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木瓜蛋白酶（Papain），又稱木瓜酶，是一種蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一種低特異性蛋白水解酶，廣泛地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內，其中在未成熟的乳汁中含量豐富。木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，屬于巰基蛋白酶，它具有酶活高、熱穩定性好、天然衛生安全等特點，因此在食品、醫藥、飼料、日化、皮革及紡織等行業得到廣泛應用。
木瓜蛋白酶性質：
白色至淺黃色粉末，有一定吸濕性。溶于水和甘油，水溶液無色至淡黃色，有時呈乳白色，幾乎不溶于乙醇等有機溶劑。木瓜蛋白酶是一種在酸性、中性、堿性環境下均能分解蛋白質的蛋白酶。
木瓜蛋白酶的適合PH值6～7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點（pI）為8.75；木瓜蛋白酶的適合溫度55～65℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強，在90℃時也不會*失活；受氧化劑抑制，還原性物質激活。
其主要作用是對蛋白質有*的加水分解能力。主要用于啤酒抗寒(水解啤酒中的蛋白質，避免冷藏后引起的渾濁)、肉類軟化(水解肌肉蛋白和膠原蛋白，使肉類嫩化)、谷類預煮的準備、水解蛋白質的生產。在啤酒抗寒和肉類軟化方面的應用，遠比其他蛋白酶類廣泛。用量一般為1～4mg/kg。
木瓜蛋白酶廣泛用于肉類嫩化，也可作為啤酒的澄清劑使用。我國規定可用于餅干、肉禽制品水解和動、植物蛋白，按生產需要適量使用。
應用范圍
食品工業應用
可利用酶促反應，使食品大分子的蛋白質水解成小分子肽或氨基酸。用于水解動植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、餅干松化劑、面條穩定劑、啤酒飲料澄清劑、醬油釀造及酒類發酵劑等。有效轉化蛋白質的利用，大大提高食品營養價值，降低成本。有利于人體的消化和吸收。
飼料工業應用
用于飼料添加劑，開發蛋白源，利于吸收，提高飼料的利用率，節約成本，有助于牲畜消化，加速生長。如在豬、牛、羊、雞、鴨、鵝、魚、蝦等飼料中添加。還可以作為蔬菜水果復合肥料的添加劑。
皮革工業應用
利用木瓜蛋白酶制成脫毛劑，鞣制皮革，具有毛孔細膩，皮紋光亮效果。
紡織工業應用：可用于處理羊毛、蠶蛹脫膠、蠶絲精煉，能達到手感柔軟、舒適、等效果。
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