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水質分析儀在使用過程中應該注意以下問題：
1、系統全密閉問題。卡爾-費休試劑液路部分連接一定要緊固，從試劑瓶到計量泵再到反應池，否則發生試劑泄漏將直接影響測試結果。其不密閉的另一個問題是測試時由于卡爾費休試劑在試驗中吸收空氣水分，會導致滴定終點延遲。
2、取樣的準確問題。在標定卡爾-費休試劑時需要取用10mg水，盡量使用10ul取樣器，這樣不但準確、速度快，還能夠防止水滴粘附。同樣地，取用甲醇試劑、乙酯也有類似的問題，取放完畢后應注意盡量縮短反應池打開的時間。
3、 磁性攪拌速度調整。在反應池中，因為滴定試劑加入時在局部，與電極不在一處，因此攪拌速度好以快到不形成湍流為止，這樣可以快達到終點。
4、滴定速度設定應先快后慢。滴定時先快速以盡量縮短試驗時間，而在接近終點時應變慢，這樣可提高計量度。
5、當日試驗完畢后，一定要排空系統中的卡爾-費休試劑，然后用甲醇清洗干凈，千萬不能用水清洗系統，因為其不容易揮發，將造成下次試驗時卡爾-費休試劑標定不實。
6、水分測定儀應該遠離強磁場，避免工作時電子顯示跳動，出現不正常現象。手動的水分測定儀，因為必須使用玻璃自動滴定管計量卡爾-費休試劑和甲醇溶劑，而玻璃滴定管本身因為平衡壓力的關系，又必須與外界接通。
7、系統盡量密閉。手動的水分測定儀需要在吸球管路和玻璃滴定管上口加接填充干燥劑的U型管，以便減少空氣水分對測試結果的干擾。在空氣相對濕度大于70%的環境下，應盡量不安排水分測試。
8、在調整滴定管的滴定速度時，好調整到1滴/秒。滴定速度太快將導致到達終點時產生的延時誤差較大；而滴定速度太慢則會延長測試的過程，上述干擾容易導致遲遲不到達終點