藻類分類計數儀是根據“水環境監測規范”和“近海污染生態調查和生物監測規范”所建立的“藻類分類圖譜專家系統”。系統覆蓋了中國七大水系、28個重點湖庫的常見淡水藻，以及東海、黃海、渤海、南海周邊的海洋藻。以精細、直觀、實用的原則，對浮游藻簡介進行重點編輯、分欄介紹，突顯不同門類浮游植物的特點，使得 形態、結構、生殖、生態 一目了然。

相似性檢索

“多維漸進相似藻檢索”實現了電腦對圖像的自動識別與分割，能夠從多維空間角度縝密抓取藻類細胞影像，通過形態相似性與生物相似性的有效結合，真實全面細致地捕捉、勾勒、反映藻類的形態特征。偵測未知藻細胞的輪廓、提取特征信息、大數據匹配，從幾萬張圖庫中找出形態最相近的一組藻類，同時優先展現常見藻類，極大地提高了藻細胞搜索的速度和精度。



易混淆藻鑒別

使用者可以選擇形態相似的藻屬，在同一界面上展開快速比較，通過典型的組合特征圖、概要性文字，迅速掌握各屬之間的區別要點，指導用戶從差異化的細節特征重點觀察判斷，對藻類進行輔助鑒定。



形態學檢索

“典型組合聯想”形態學檢索根據光學顯微鏡下能夠分辨的細胞特征，如形態、大小、突起或棘刺、鞭毛、表面紋路、數量和排列等進行快速圖形搜索，把形態相似的藻類匯總并分類排列。通過數據庫中的藻類顯微照片、手繪圖和文字敘述進行快速比對鑒定。



動態自動計數

包含七種圖像分割算法，實現對純培養單細胞藻類與部分水華或赤潮單細胞藻類的自動計數。



膠被群體分析

針對于微囊藻等含有膠被結構的藻類。該類藻由于內部包含的細胞數量很多，人工計數十分困難。膠被群體分析功能具有自動統計分析內部包含細胞數的功能，軟件算法先自動分割出細胞膠被的輪廓，再選擇其中的典型細胞為基本單位，即可計算出其中所含藻個數，方便進行藻種的統計與分析。