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但CE與質譜接口的穩定性不足、CE方法重復性略差、電泳分離過程受pH值和溫度等因素的影響，以及蛋白酶解物在電泳過程中的吸附造成樣本損失等問題的存在，限制了CE-MS在單細胞蛋白質組學中的進一步應用。
對細胞的精確認知是理解細胞在生理和病理過程中功能的先決條件。傳統研究手段是針對細胞群體進行分析，獲得大量細胞的平均化結果，無法區分不同細胞個體對于樣品異質性的精確貢獻值，從而忽視或掩蓋了單細胞的個體差異。
單細胞內蛋白質種類繁多，豐度低，動態分布范圍寬且無法擴增，因此對檢測手段提出了更高的靈敏度要求。在眾多高靈敏分析方法中，熒光檢測方法的靈敏度可以達到單分子水平，并且具有動態跟蹤能力，但是其蛋白質檢測通量有限。然而電化學檢測方法雖然細胞干擾小，但受限于蛋白質通量以及電化學活性的要求，無法對多種蛋白質進行同時檢測。
質譜作為研究蛋白質組學的一種常規方法，其靈敏度高，通過已有的蛋白質數據庫，可以同時對上萬種蛋白質進行定性以及定量，并且可以提供豐富的蛋白質結構信息。但是由于單個體細胞內的蛋白質總量平均只有約100pg，利用質譜直接進行檢測會面臨樣本復雜度和單細胞靈敏度等挑戰，因此質譜前的分離技術對于提高方法檢測靈敏度以及蛋白質定性定量的準確度來說十分必要。
細胞是構成生物體的基本單位，由于遺傳因素、生化噪音、細胞微環境等諸多因素使得單個細胞之間存在著廣泛的異質性。因此，單細胞研究不僅可使人類對細胞與生命的本質有更為精確的認識，同時也為疾病的診斷、分型、治療以及預后提供了更為強有力的工具。蛋白質作為生命活動的主要承擔者，可以為其提供更為直接且更有價值的表型信息，因此成為單細胞研究的熱點目標。
單細胞蛋白質組學服務需要注意的要點如下：
注意數據的質控。
預處理和質控時，注意去除低質量單細胞數據。
在做生信分析前，建議再次篩選出高質量單細胞數據集。
