Illumina公司推出的MiSeq是一臺在單個儀器上整合了擴增、測序和數據分析的新款測序儀，每次運行能產生超過1Gb的數據，且占地面積僅為2平方英尺。MiSeq的流程和準確性，讓它成為快速且經濟的遺傳分析的理想平臺，適合廣泛的應用。同時Illumina已被FDA大量采購并即將通過FDA認證，12年10月，MiSeq系統的測序通量已升級至8G左右。升級通過兩個方面完成，一個是cluster密度的增大，升級后cluster密度增加至15-17million，而pair-end讀取的reads數目將會增加至30-34million；另一方面是通過測序讀長而提升通量，測序讀長達到2*300bp，同時測序速度也有所提升。目前，Broad研究院已經利用現有試劑實現了單端測序300bp讀長，Illumina目前內部測序更是完成了2*400bp的pair-end測序。而這些，都是保證在高質量數據結果的前提下完成的。
MiSeq性能參數
Illumina MiSeq測序時間和數據量
| 讀長（bp） | 時間 | 總數據量 | Q30 |
| 1×36 | ～4 hrs | 540-610 Mb | ﹥90% |
| 2×25 | ～5.5 hrs | 750-850 Mb | ﹥90% |
| 2×100 | ～16.5 hrs | 3.0-3.4 Gb | ﹥85% |
| 2×150 | ～24 hrs | 4.5-5.1 Gb | ﹥80% |
| 2×250 | ～39 hrs | 7.5-8.5 Gb | ﹥70% |
Illumina MiSeq讀取量比對
| 運行類型 | 通過過濾的讀取（百萬） | |
| 升級前 | 升級后 | |
| 單端讀取 | 5-7 M | 15-17 M |
| 末端配對讀取 | 10-14 M | 30-34 M |
工作流程
illumina二代測序儀 MiSeq四大特性
1、較短的實驗周期：從樣品制備開始需要8小時即可得到超過100M的高質量測序結果。
2、便捷的樣品制備流程：需50ngDNA模板，2小時的自動化操作就可以完成全部樣品制備工作。
3、測序原理：MiSeq繼續(xù)GA和HiSeq平臺的邊合成邊測序的化學原理。
4、完整的整合功能：MiSeq可以獨立完成簇生成，雙向測序及數據分析工作，讓經費和實驗室空間不再成為NGS研究的障礙。
illumina二代測序儀 MiSeq應用范圍
1、轉錄組測序
派森諾MiSeq測序平臺是基因組已測序物種的轉錄組分析平臺。公司技術團隊目前已完成了包括斑馬魚在內的多種植物、動物的轉錄組測序及分析。
2、宏基因組16S rDNA單V區(qū)測序
對16s rDNA的單V區(qū)(V3\V4)進行高通量測序，鑒定細菌群和古生菌群。派森諾的技術團隊使用Illumina MiSeq測序16S rDNA V4區(qū)并結合Roche 454 FLX+測序16S rDNA V1~V3區(qū)成功的對雞的腸道環(huán)境細菌進行了鑒定。
3、Small RNA測序
1*35bp的讀長配合了小RNA的測序長度，速度快，靈敏度高。派森諾的技術團隊目前已完成了鵝的小RNA測序和多種中草藥的小RNA測序。
4、重測序：包括全基因組重測序、簡化基因組測序、外顯子測序。
Illumina MiSeq非常適用于對微生物基因組的重測序，每次運行即可完成一個微生物基因組測序。2011年12月27日，派森諾的技術團隊利用MiSeq一次運行同時完成了乳酸菌（Lactobacillus casei Zhang和Lactobacillus casei P8）的重測序，基因組覆蓋深度為分別為404倍和213倍，比對至參考序列，基因組實現全覆蓋，同時檢測到了多種結構變異，包括插入、缺失和SNP位點，并且檢測到了全部質粒。
數據展示
* 以上產品介紹及數據來源于Illumina，僅供參考，以Illumina為準。
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