紅外顯微鏡是將紅外光譜儀與光學顯微鏡聯(lián)用的系統(tǒng)。主要由紅外主機、顯微鏡系統(tǒng)和計算機組成。由于其精密性，多采用干涉原理，主要部件包括干涉儀、顯微鏡光學系統(tǒng)、檢測器等。
它在生物學中的應(yīng)用范圍是有限的。當用可見光觀察不透明的某些物體時，在較溉的紅外光區(qū)域就會變得透明，這種效應(yīng)已經(jīng)被用于研究在某些昆蟲中發(fā)現(xiàn)的滲入黑色素的甲殼質(zhì)層。但是，某些有機物質(zhì)在2-30微米波長范圍內(nèi)的吸收特性實際上并沒有應(yīng)用到生物學物質(zhì)的定性和定量的顯微研究中，除了儀器和像的記錄問題而外，也由于在這種波長范圍內(nèi)分辨力的損失已經(jīng)變得十分引人注目。一個數(shù)值孔徑為0.6物鏡的最小分辨距離大約與所使用的光線的波長是相等的，這就意味著使用一個這樣孔徑的反射物鏡，以波長為10μm的紅外光觀察一個直徑為10μm左右的細胞幾乎是不可能的。
測量方式：
紅外顯微鏡按其光路系統(tǒng)的差異，一般分為非同軸光路紅外顯微鏡和同軸光路紅外顯微鏡兩大類。非同軸光路紅外顯微鏡是較早推出使用的一類紅外顯微鏡，具有透射式和反射式兩種操作功能。同軸光路紅外顯微鏡是另一類紅外顯微鏡，也具有透射式和反射式兩種操作模式。也可以采用衰減全反射模式，它采用的是硅晶體。
根據(jù)紅外顯微鏡所測樣品的形態(tài)、性質(zhì)和測試要求，可以選擇透射、反射、衰減全反射三種測試模式。透射模式是測定樣品的主要方法，可提供好的信噪比，適應(yīng)于測試透光性較好的樣品，如厚度小于20μm的薄膜、固體切片;
反射模式是效率較高的一種測試方法，適應(yīng)于測定背景比較光亮、光反射較強的樣品，如微小顆粒樣片;衰減全反射模式，在某些情況下是不可少的一種測量方法，適應(yīng)于測定需進行表面成分或表面污染物分析的樣品。
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