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葉綠素儀和葉綠素熒光儀無論在研究目的、測量方法、使用方法和使用對象上有很大的區別。  

就研究目的而言，當人們選擇熒光儀時多是以研究光合作用的機理問題如，電子傳遞的過程和效率，光合反應中心II（PSII）和反應中心I（PSI）的功能，環境變化（干旱，鹽堿，金屬污染）對電子傳遞的影響等為目的。而葉綠素儀則主要用于判斷植物生長過程中的營養狀況（特別是氮素水平），為作物施肥提供生產上的參考。概括講，葉綠素熒光儀用于理論研究，而葉綠素儀用于應用研究。  

在測量方法上，熒光儀是利用葉綠素*的熒光現象，采用*靈敏度和反應速度的傳感器，輔以光電脈沖設計來捕獲電子傳遞過程中的各時段上的熒光數據。熒光測量是一個過程測量。而葉綠素儀是利用葉綠素對紅光的特殊吸收特性，利用光電傳感器對紅光吸收量多少的測定。葉綠素儀的測量是在某一時，某一點上的瞬時測量。  

從使用方法上講，熒光儀的使用需要對葉片進行較長時間的暗處理，而葉綠素儀則需要化時間去做不同樣品的訂正曲線。