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微生物菌種的質量控制，通過設計的一系列標準行為來確保菌種的特性為Excellence即被定義為菌種的質量控制，為了保證菌種的質量以下方面應當予以考慮。

1.效期：確保所有的菌種應當在有效期內

2.傳代：試驗用菌株的傳代次數不得超過5代（從菌種保存中心獲得的冷凍干燥菌種為第0代）。傳代的定義：每接種一次即為一代（有在新鮮的培養基上生長過程）

3.鑒定：通過一系列的檢查來確認微生物菌種的純度和活性。

鑒別方法：傳統的鑒別方法：菌落形態、個體形態、孢子形態、生化特征等。

4.標識：每一支菌種或菌液在儲存期內均需要有明確的標識。標簽內容應包括一下內容：

（1）.冷藏、冷凍日前

（2).菌種名稱和編碼

(3).批號、效期、傳代代數

5.文件管理：記錄，能夠證明菌種的整個傳代過程，包括接受、傳代、銷毀。

微生物菌種注意事項：

1.必須小心處理

2.使用前確認菌種身份

3.根據商說明書復蘇菌種

4.使用接種技術；不要重復從菌種包裝瓶中移取菌種或重新冷凍菌種。

5.傳代代數（每接種一次即為一代）。