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微生物菌種通過代謝過程中氧氣和二氧化碳的交換以及分泌的有機酸等酸性物質，促進土壤中微量元素的釋放及螯合，有效打破土壤板結，促進團粒結構的形成，并能改善土壤的通氣狀況，促進有機質、腐殖酸和腐殖質的生成。對應于當前土壤中出現的通透性不強、保水保肥性 差、地力差等問題，正是受土壤中的團粒結構、有機質、腐殖酸和腐殖質的影響，而這些物質的形成又受土壤中微生物的作用。
微生物在土壤中物質和能量的輸入輸出中扮演著非常重要的角色，微生物菌種是物質循環鏈上的重要環節。它能夠活化土壤有機與無機養分，分解有機物，釋放養分，增加養分的有效性。對應于當前土壤中出現的板結、酸化、鹽漬化、土壤貧瘠、地力衰竭等問題，這些問題出現的原因是肥料在土 壤中長期積累、殘存、得不到有效分解和營養轉化，養分的釋放和轉化正是靠微生物。
微生物在其繁殖和代謝過程中，可以降解土壤中殘留的化肥、有機農藥、重金屬和其他污染物等，在其理化反應中對上述污染物質進行分解、轉化、固定、轉移以及新的無害化合成，把他們分解成低害甚至無害的物質，降低土壤污染的程度。
此外，土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它們能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，微生物菌種這樣就可以防治和減少土壤中土傳微生物對作物的危害，提高作物品質和產量。