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微生物工業自從采用純種發酵以來，產率有了很大的提高，然而防止雜菌污染的要求也更高了。人們在與雜菌污染的斗爭中，積累總結出很多寶貴的經驗。規范了管理措施，設計了一系列設備（例如密閉式發酵罐，培養基滅菌設備，無菌空氣制備設備等）和管道，應用了無菌室甚至無菌車間，建立了無菌操作技術，因而大大降低了發酵染菌率。但是某些發酵工業還遭受著染菌的威脅，染菌后輕者影響產率、產物提取收得率和產品質量，重者造成“倒罐” ，不但 浪費大量原材料，造成嚴重的經濟損失，還會對周圍環境造成破壞。
凡是在發酵液或發酵容器中侵入了非接種的微生物統稱為雜菌污染，及早發現雜菌并采取相應措施，對減少由雜菌污染造成的損失至關重要。因此檢查的方法要求準確、快速。發酵污染可發生在各個時期。種子培養期染菌的危害zui大，因嚴格防止。一旦發現種子染菌，均應滅菌后棄去，并對種子罐及其管道進行*滅菌。發酵前期養分豐富，容易染菌，此時養分消耗不多，應將發酵液補足必要養分后迅速滅菌，并重新接種發酵。發酵中期染菌不但嚴重干擾菌株的代謝，而且會影響產物的生成，甚至使已形成的產物分解。
由于發酵中期養分已被大量消耗，代謝產物的生成又不是很多，挽救處理比較困難，可考慮加入適量的抗生素或殺菌劑。如果是發酵后期染菌，此時產物積累已較多，糖等養分已接近耗盡，若染菌不嚴重，可繼續進行發酵；若污染嚴重，可提錢放罐。染菌程度越重，危害越大；染菌少，對發酵的影響就小。所以，實際中，應當根據污染程度和發酵時期區別對待。