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其一.ATCC菌種瓶中出現被吞噬的斑塊或直接發現有螨類活動，表明菌種已遭受螨類污染；凡菌種瓶中出現紅、黃、黑、綠等各色雜菌孢子，瓶壁出現兩種或兩種以上明顯不同菌絲構成的大大小小的分割區，瓶中散發出各種發臭等異味，都是遭受霉菌或細菌、酵母等雜菌污染的表現。均應予以淘汰，并及時進行妥善處置。
其二.凡菌種表面出現過厚的、致密的堅韌的菌皮，菌柱發生萎縮、脫壁，菌絲出現自溶現象，菌種底部積存大量黃褐色液體，ATCC菌種表面及四周出現過多的原基或耳芽，都是菌種老化或某種生理狀況欠佳的表現，不宜使用。
其三.嚴格剔除上述兩類不合格菌種后，余下菌種中，符合該種食用菌的基本特征，且菌柱吃料*，上下長透，生長均勻，富有彈性者，即是合格菌種。
需要指出的是，上述二三級菌種的質量鑒定，是針對菌種環節本身的質量管理而言的。至于ATCC菌種的性能，即在高產方面的表現如何，不能僅靠上述鑒定結果作出判斷，而必須靠出菇試驗和栽培實踐去檢驗和證實。