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一、微生物菌種需要4℃冰箱保存
1、液體石蠟保存法
先將液體石蠟滅菌，然后放于37℃恒溫箱中，使水汽蒸發掉備用。再將需要保存的菌種在zui適宜的斜面培養基中培養，用無菌吸管吸取已滅菌的液體石蠟，注入已長好的斜面培養基上，用量以高出斜面頂端1cm為準。試管需直立，置4℃或室溫下保存，一般無芽胞細菌可保存1年左右。
2、蒸餾水保存法
取滅菌蒸餾水6-7ml加于試管斜面上，用吸管研磨，洗下菌苔充分混勻，將此菌液分裝于滅菌的螺旋小瓶中，或用膠塞密封，置4℃保存可存活數年。
3、高層半固體瓊脂石蠟保存法
將需保存的菌種經平板劃線分離后，挑單個菌落用接種針反復穿刺接種到高層半固體瓊脂培養基中，經37℃12小時培養后取出，用無菌操作將滅菌的液體石蠟滴加半固體瓊脂菌種管表層約0.5cm高度，存放4℃冰箱，1年轉種1次。

二、微生物菌種需-20℃冰箱冷凍保存
1、甘油保存法
甘油一生理鹽水保存液的制備：取甘油(分析純)8份加入生理鹽水2份，充分混合后，經121.3℃30分鐘滅菌備用。
將純化后的菌株根據菌種不同分別劃線接種于其zui適宜生長的培養基上培養后，用接種針取典型菌落接種肉湯管37℃培養6-8小時(鏈球菌和奈瑟氏菌接種血清肉湯管，5-10%CO2環境下8-10小時培養，真菌直接用接種環取菌洗入肉湯管，不培養)。此為培養液。
將此培養液與保存液以5：2的比例混合分裝于滅菌的微量離心管，置-20℃冰箱保存(鏈球菌、奈瑟氏菌置-80℃冰箱保存)。使用時需37℃水浴中快速解凍。
用上述方法保存一般菌株可存活3年以上，鏈球菌、奈瑟菌可存活12-15個月，且性狀未發生變異。此方法采用幼齡肉湯培養物效果好，且適用于鏈球菌、奈瑟氏菌、弧菌、真菌等需特殊方法保存的菌種。
2、低溫保存法
菌種保存液的配制：K2HPO412.6g，檸檬酸鈉0.98g，MgSO4·7H2O0.18g，KH2PO43.6g，甘油88g加蒸餾水至1000ml，103.4KPa滅菌30分鐘，4℃保存備用。
將細菌接種于肉湯培養基中，37℃培養16-18小時，或斜面培養物刮取于生理鹽水中，然后加入等體積的菌種保存液，凍存于-70℃或-20℃冰箱中。
此方法也適合甲鏈、肺球、流感桿菌、百日咳桿菌、綠膿桿菌等耐受力低的細菌。-70℃保存10年以上，-20℃可保存2年以上。
3、甘油原液保存法
將各待保存的菌種純化后用接種環直接從平板上刮取，置于盛有0.5ml甘油原液的菌種瓶中，-20℃保存，可連續52個月存活良好。
此法尤其適合乙鏈、破傷風桿菌、產氣莢膜梭菌、白色念珠菌等需特殊方法保存的菌種，是一種簡便實用的有效保存方法。
4、微生物菌種細菌濕種牛奶凍存法
新鮮牛奶或15%奶粉煮沸，冷卻脫脂，分裝小試管，每管1ml，8磅15分鐘滅菌備用。
將純種菌接種于平板，37℃16小時培養，以接種環刮取菌苔2-3環于牛奶中混勻，試管用硅膠塞，凍存于普通冰箱冷凍室(-12℃-18℃)。使用時取出室溫溶解，待部分溶解時即可取一環接種平板，并將試管再迅速凍存，這樣可反復使用3-5次。此法一般菌株可存活48個月，少數如奈瑟氏菌、甲鏈、白喉等可存活14-30個月。