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1.ATCC菌種塑料袋的選擇不同
常壓蒸汽滅菌一般選用聚乙烯薄膜，而高壓蒸汽滅菌應選用聚丙烯薄膜，厚度為5～6絲，過薄，耐壓和耐熱能力低，會影響成品率。聚乙烯薄膜不耐高壓，在1.2公斤/平方厘米高壓下會融化，不能使用。
2.消毒壓力和溫度不能過高
高壓蒸汽消毒壓力比較高，但由于培養基包裝大多使用塑料薄膜，消毒壓力不能超過1.4公斤/平方厘米，可以通過延長消毒時間至2小時左右來達到消毒效果。消毒壓力和溫度過高，薄膜會出現融化或膨脹，產生裂縫、小洞，接種后易感染雜菌。
3.消毒時間應隨培養基質不同而不同
一般而言，顆粒大的消毒時間長，麥粒、玉米作為基質時的消毒時應該長于木屑。
4.ATCC菌種加壓過程中應先放盡鍋內冷氣
由于高壓鍋加熱初始鍋內存有冷空氣，開始加熱后，熱蒸汽集聚在鍋的上部，越聚越多，壓力越來越高，冷空氣卻還集聚底部，這時壓力表上顯示的壓力是虛假的，只有把底部的冷空氣放掉，顯示的才是真實的壓力。方法是加熱后，當壓力表壓力達到0.5公斤/平方厘米時，打開放氣閥，放盡空氣，再加熱滅菌。如能放二次空氣，效果會更好。
5.加熱升溫和放氣減壓要慢
塑料袋的薄膜是軟性的，高壓鍋加熱和減壓過程中塑料袋內外存有壓力差，加熱或減壓過快，內外壓力差異就大，容易引起塑料袋變形或脹袋、裂縫，接種后易感染雜菌。
6.其他
另外，ATCC菌種在菌種袋外套一牛皮紙袋（可以反復利用），可以減少因裝袋、搬運、接種過程中硬物碰撞造成的塑料袋破損。由于各個廠的滅菌鍋，其質量、結構、容量不同，塑料袋的均勻度、培養料的顆粒、質地不一樣，加上工作人員操作技術不同，在大面積應用時應反復比較試驗，選出一個*方案后再應用。