單細胞新一代測序簡介

新一代測序（NGS）能夠對許多應用進行精確和無偏差的基因組分析，包括檢測染色體非整倍性，拷貝數變異（CNV）、插入和缺失。這些檢測尤其適用IVF診所的胚胎植入前基因篩查（PGS）和癌癥遺傳學。

所有這些應用的起始材料由于使用單細胞而受到限制，并且需要基因組的可重復性擴增作為NGS下游分析的先決條件。 PicoPLEX DNA-seq試劑盒專為滿足這種不斷增長的需求而開發，可幫助從單個細胞制備Illumina compatible NGS文庫。

PicoPLEX DNA-seq文庫用于表征*的基因組特征，包括體外受精（IVF）診所PGS診斷所需染色體非整倍體異常和拷貝數變異檢測，以及癌癥研究的單腫瘤細胞（如CTC）。

PicoPLEX DNA-seq Kit

適用Illumina®NGS平臺的單細胞文庫制備

Single Cell Library Preparation for Illumina® NGS Platforms

英文名稱：PicoPLEX DNA-seq Kit

中文名稱：PicoPLEX DNA-seq試劑盒

用途：單細胞DNA擴增，illumina文庫制備。

成功實例：PicoPLEX DNA-seq試劑盒已成功處理單卵裂球，滋養外胚層細胞和培養細胞。

PicoPLEX DNA-seq試劑盒可為單一細胞提供穩定且可重現的DNA擴增，用于有限的測序覆蓋度分析，不適用于高覆蓋率的深度測序，如從頭測序和/或全基因組測序。

測序平臺：PicoPLEX庫推薦的測序平臺是Illumina MiSeq系統和HiSeq 2000/2500。要在Illumina NextSeq測序儀上使用，請在庫準備之前技術咨詢。

PicoPLEX®技術 - 曾用于微陣列（arrays）法的單細胞拷貝數變異，現在有單管形式可在Illumina NGS平臺上使用。 PicoPLEX WGA（單細胞全基因組擴增）長期以來一直被*的IVF診所用于植入前基因篩查和診斷，以檢測染色體非整倍體和拷貝數變異。

PicoPLEX DNA-seq試劑盒簡化了文庫制備，整個過程在單個試管或單孔內進行，減少錯誤和污染，加快時間和降低成本。PicoPLEX DNA-seq試劑盒包含48份反應，包含將48份單細胞或DNA（6 pg至60 pg）轉換為illumina NGS文庫所需的一切，包括雙端索引（illumina indexes，放在一次性使用的微孔板中）。

歡迎您致電 華雅再生醫學旗艦公司：紅榮微再（上海）生物工程技術有限公司 181 6644 1624。紅榮微再-客服： 1022 355 724

Rubicon Picoplex試劑訂購信息

48次反應，包含一次性使用96孔板的48個雙端illumina indexes。

PicoPLEX DNA-seq試劑盒受美國8,206,913和歐盟待決申請的保護，僅供研究使用。

華雅再生醫學旗艦公司：紅榮微再（上海）生物工程技術有限公司2018年，與TAKARA繼續合作，授權代理（上海）Rubicon和Cellartis 試劑。紅榮微再以“傳遞科學價值，服務科學研究”為宗旨，主營干細胞、精準醫療、細胞治療、器官再生四大板塊的產品。

Rubicon公司成立于2000年，總部位于美國密歇根州。產品都擁有技術，檢控嚴格，擁有cGMP級生產能力，有多個OEM合作伙伴，是單細胞測序文庫構建的。2017年1月，Rubicon 成為Takara的一員，并且發展良好。

PicoPLEX DNA-seq 優點

減少ambiguity：高度可重復的CNV和非整倍體檢測

減少工作流程：三步完成從單細胞到測序即用文庫的制備

降低成本：單個試劑盒包含測序文庫制備所需一切

減少污染和錯誤：文庫制備在單管或單孔中完成，不需要轉移

縮短結果時間：Illumina NGS文庫在不到3個小時內制備好

Reduce ambiguity: highly reproducible CNV and aneuploidy detection

Reduce workflow: from a single cell to a sequencing-ready library in three steps

Reduce cost: a single kit contains everything needed to prepare a sequencing-ready library

Reduce contamination and error: library prep in a single tube or well, no transfers necessary

Reduce time to results: Illumina NGS libraries prepared in less than 3 hours

Highly Reproducible CNV Detection Over the Entire Genome：Amplified libraries from 11 individual flow-sorted H929 cells were sequenced on an Illumina MiSeq® and downsampled to 250,000 total reads. Thirty-five base single-end reads were mapped to human over the entire genome.

全基因組中高度可重復的CNV檢測：11個流式分選的H929細胞擴增文庫在IlluminaMiSeq®上測序獲得250,000個總reads。 Thirty-five base single-end reads were mapped to human over the entire genome.

Highly Reproducible CNV Detection in Chromosome 1:In the each of the individual H929 cells (see previous slider),  a 22 Mb loss and  30 Mb gain were consistently detected in chromosome 1  as indicated by the pink or blue bars.

染色體1中高度可重復的CNV檢測：每個單獨的H929細胞中（參見上圖），如粉紅色或藍色條所示，在染色體1中*檢測到22Mb丟失和30Mb增加。

PicoPLEX DNA-seq Kit試劑盒參數

樣本

上樣量：該試劑盒每次反應可容納5μL加樣量（細胞和緩沖液zui高2.5μL）。如果細胞在1x PBS中，則不要超過2.5μL的PBS。

適用樣本：1-10個哺乳動物細胞（例如卵裂球，極體，滋養層細胞，羊膜細胞，CTC，培養細胞）；分離的DNA（6 pg - 60 pg人類DNA）；超過50 pg加樣量是可能的，但需要在步驟6和10處優化；分選的染色體。

樣本采集兼容方法：流式分選（不要固定），稀釋和顯微操作與PicoPLEX DNA-seq兼容。

細胞洗滌：建議在PBS（不含鈣，鎂和BSA）中洗滌并限制洗滌緩沖液低于2.5μL。

反應時間

PicoPLEX DNA-seq試劑盒可在<3小時內裂解細胞并準備好含indexes的NGS適用文庫。

運輸和存儲：PicoPLEX DNA-seq試劑盒（目錄號R300381）在干冰上運輸。試劑盒應在抵達后保存在-20°C。

質量控制：PicoPLEX DNA-seq Kit使用新一代測序（NGS）對應規格進行測試，以確保產品質量和*性。

安全信息：遵循標準的實驗室安全程序并穿戴合適的實驗服，防護眼鏡和一次性手套，以確保人身安全并減少樣品制備和后續擴增反應過程中潛在的交叉污染。更多信息請參閱相應MSDS。

原理和工作流程

PicoPLEX DNA-seq原理圖

PicoPLEX DNA-seq基于Rubicon Genomics的PicoPLEX技術，用于單細胞基因組DNA（gDNA）擴增，該技術使用多重循環的隨機引物進行可重復文庫構建。 PicoPLEX DNA-seq Kit遵循PicoPLEX WGA Kit的相同三步工作流程，包括細胞裂解，預擴增和zui終擴增。首先，特制配方裂解細胞并打斷DNA。接著，專門設計的隨機引物通過對產物進行zui小限度的擴增來選擇性地預擴增DNA，以產生高度可重現的文庫。zui后，用包含Illumina雙重條形碼的引物進行PCR擴增得到測序就緒文庫。

PicoPLEX™DNA-seq試劑盒使用技術，單管三步法3小時內完成單細胞擴增。

PicoPLEX DNA-seq組份

PicoPLEX DNA-Seq Kit引用文獻

• New protocol based on massive parallel sequencing for aneuploidy screening of preimplantation human embryos

• Vendrell et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine, DOI: 10.1080/19396368.2017.1312633

• Construction of thousands of single cell genome sequencing libraries using combinatorial indexing

• Vitak et al. bioRxiv Jul. 23, 2016; doi: dx.doi.org/10.1101/065482.

• A linkage map for the Newt Notophthalmus viridescens: Insights in vertebrate genome and chromosome evolution

• Keinath et al. 2014 Developmental Biology

歡迎您致電 華雅再生醫學旗艦公司：紅榮微再（上海）生物工程技術有限公司 181 6644 1624。紅榮微再-客服： 1022 355 724

紅榮微再（上海）生物工程技術有限公司2018年，與TAKARA繼續合作，授權代理（上海）Rubicon和Cellartis 試劑。