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安捷倫 靶向序列捕獲試劑盒來了，快來圍觀！！！
閱讀：1275發布時間：2020-12-24
SURESELECTXT HS 靶向序列捕獲
SURESELECTXT HS
什么是SURESELECTXT HS？
SureSelectXT HS 試劑盒作為安捷倫靈敏度高的雜交捕獲型文庫制備和 用于 NGS 的靶向序列捕獲解決方案，成為了 SureSelect 文庫制備試劑 家族中的成員。
----------------------------------------------主要特征---------------------------------------
• DNA 起始量10 ng
• 針對高質量完整 DNA 以及低質量和高質量 FFPE DNA進行了優化
• 分子條形碼 (MBC) 標記文庫可提高陽性預測值 (PPV)
• 復雜度更高的文庫，在靶標區域中的讀出序列百分比更高
•90 分鐘雜交和反應預混試劑，實現更快速更高效的工作流程
針對 FFPE 優化
FFPE 優化文庫制備的重要性
盡管 FFPE 樣品為多種遺傳信息提供了有價值的來源，但從 FFPE 組織中分離 DNA 的難題 在于純化足夠分子量的 DNA 以及達到一定的擴增和檢測質量。通常而言，當 FFPE DNA 制備出來用于文庫生成時，其降解程度已過高而無法用于高靈敏度的 NGS。因此，有 必要通過優化文庫制備與盡量減少步驟數降低樣品損失，并從挑戰性樣品類型中獲得 高質量文庫。
針對 FFPE 優化的安捷倫文庫制備
對于新鮮樣品與 FFPE 樣品中的多種組織類型，SureSelectXT HS 僅用 10-200 ng 起始原料即 可生成靶標區域讀出序列百分比較高的更復雜文庫。為改善不同質量 FFPE 樣品單核苷 酸變異 (SNV) 的識別和一致性，安捷倫已開發出一款完整的工作流程解決方案，該方 案具有 DNA 質量預評估(FFPE QC 試劑盒，部件號 G9700A 和 G9700B 以及 4200 TapeStation 系統)和單管文庫制備功能。
圖 1. SureSelectXT HS 已針對 FFPE 進行了性能優化，在質量逐漸降低的樣品中多數堿基覆蓋率達到了 20X。 將測序深度越來越高的 20X 以上讀取深度覆蓋(4 百萬到 8 百萬 - 2×100 bp 讀出序列)的堿基百分比相對于 gDNA 質量(基于 qPCR 的 gDNA 質量 (ddCq)，并用安捷倫 FFPE QC 檢測試劑盒進行計算)作圖
圖 2. SureSelectXT HS 在 100X 覆蓋率下優于其他文庫制備解決方案，尤其是在樣品質量下降時：根據 8 百萬 - 2×100 bp 讀出序列的 1000X 測序深度，將 100X 以上讀取深度覆蓋的堿基百分比相對于質量越來越低的 gDNA (基于 qPCR 的 gDNA 質量 (ddCq)，并用安捷倫 FFPE QC 檢測試劑盒進行計算)作圖
高靈敏度
高靈敏度的重要性
靈敏度指的是得到正確鑒定的真實變異的百分比。在大多數情況下，靈敏度受到起始 量、檢測性能以及 PCR 與測序錯誤率的限制。因此，傳統 NGS 檢測的錯誤水平通常會 由于腫瘤異質性而影響低頻變異的檢測可信度。
SureSelectXT HS 的出色靈敏度
SureSelectXT HS 中包括的分子條形碼可幫助用戶在文庫制備、靶向序列捕獲和測序等可能 產生假陽性變異的過程中過濾出假陽性結果。SureSelectXT HS 中的分子條形碼對罕見變異的檢測頻率低至 ≤ 1%。多數用戶采用置信閾值且僅對等 位基因頻率高于 3%-5% 的變異進行識別，因此這一性能十分重要。
圖 3. 等位基因頻率低至 1% 時的檢測結果。SureSelectXT HS 生成的文庫在測序深度 3000X 時，即使在 VAF 頻率低至 1% 時觀測值和頻率預計值之間也具有高度關聯性(HD200 定量多重參考標樣和 ClearSeq 綜合癌癥基因組合)
分子條形碼
什么是分子條形碼？
分子條形碼是*的 DNA 序列，它附著在給定樣品中的每個原始 DNA 上。這些獨 特的 DNA 序列包含隨機的核苷酸、部分簡并核苷酸或核苷酸。分子條形碼附著在 DNA 上，為每個起始分子分配*的識別碼。
分子條形碼為何如此重要？
PCR 擴增和測序過程中引入的錯誤提高了原始 DNA 模板的整體錯誤率。這些錯誤或假 陽性結果降低了樣品中低水平真實突變的靈敏度。這個問題尤其容易發生在某些腫瘤 亞群等異質性更高的細胞群中。分子條形碼通過消除假陽性結果并提供誤差校正以實 現更準確的變異識別，幫助用戶檢測模板 DNA 分子中的低頻突變。
圖 4. 利用分子條形碼 (MBC) 分析提高數據質量。對 Horizon cfDNA 參照和定制 164 kb SureSelect 基因組合構建的 SureSelectXT HS 文庫進行靶向測序，在去冗余后達到了 808(標準)/906 (MBC) 的中等覆蓋率。經過標準去冗余 后，在小于 2% 的變異等位基因頻率下檢測出 216 個非參照等位基因，而采用 MBC 得到的這一數字僅為 18。 這表明錯誤識別減少了 92%。數據結果由英國倫敦癌癥研究所演化和癌癥中心的 L.J. Barber 博士和 M. Gerlinger 博士提供
簡化的工作流程
SureSelectXT HS 可減少單獨酶法步驟、清除步驟和樣品轉移，使用戶簡化工作流程并維 持文庫復雜度，在較低起始量(低至 10 ng)下更是如此。我們的 90 分鐘雜交與更高效的反應預混試劑結合使用，可使用戶 在一天內完成從樣品處理到生成待測序文庫的過程。此外，工作流程支持在一次混 合中對多 32 個樣品進行深度多重測序。
優點
• 90 分鐘雜交和反應預 混試劑有助于更快速 更高效地處理樣品
• 在不到一天的時間內 將樣品轉化為待測序 文庫
• Agilent SureCall 軟件有 助于簡化數據分析 簡化的工作流程有助于加快分析速度
SureSelect 文庫制備與靶向序列捕獲解決方案
安捷倫公司具有多種文庫制備和靶向序列捕獲解決方案，適用于癌癥和遺傳性疾病應 用。無論 DNA 起始量低至 10 ng 或高達 3 µg，文庫制備和靶向序列捕獲解決方案均可與 ClearSeq 基因組合、SureSelect 外顯子組或定制基因組合完美匹配。
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