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胚胎植入前診斷（PGD）的PicoPLEX法全基因組拷貝數變異檢測
閱讀：6126發布時間：2018-5-18
低深度全基因組測序已經被引入用于植入前遺傳診斷（PGD）中的染色體拷貝數變異（CNA）檢測。CNA檢測前的單細胞全基因組擴增以PicoPLEX WGA試劑為佳。
植入前基因篩查和診斷（PGS，PGD）是第三代試管嬰兒技術，指體外受精（IVF）過程中所做的胚胎或卵母細胞測試，以便選擇沒有染色體變異或帶有家族遺傳疾病等位基因的胚胎，提高懷孕成功率，降低特定遺傳病的傳遞風險。微陣列比較基因組雜交（arrayCGH）是IVF機構zui常用的PGS技術。
參考文獻
Springer電子書《分子生物學方法》：
Deleye L., De Coninck D., Deforce D., Van Nieuwerburgh F. (2018) Genome-Wide Copy Number Alteration Detection in Preimplantation Genetic Diagnosis. In: Head S., Ordoukhanian P., Salomon D. (eds) Next Generation Sequencing. Methods in Molecular Biology, vol 1712. Humana Press, New York, NY
低深度全基因組測序相比arrayCGH有更高的分辨率和信噪比
胚胎植入前遺傳診斷（PGD）染色體變異檢測的傳統方法是微陣列比較基因組雜交（arrayCGH），它的缺點是分辨率不高而且價格較高。
低深度的全基因組測序可以解決這些問題。
文獻報道低深度全基因組測序是PGD染色體結構和數量異常檢測的較好替換方法，15例病人47個囊胚3Mb以上的大規模平行測序（MPS）數據顯示比基于arrayCGH的PGD更高的分辨率和信噪比。雖然基于MPS的胚胎篩查還沒有長期的臨床數據支持，但是已經有一些健康寶寶的案例。
低深度全基因組測序需要進行單細胞全基因組擴增。
Picoplex/SurePlex是胚胎植入前遺傳診斷CNA檢測的全基因組擴增技術
試管嬰兒胚胎植入前的檢查使用胚胎第5天的4-7個滋養層活檢細胞。
這些細胞分析前需要對細胞內的基因組DNA進行全基因組擴增（WGA）。
因為樣本的稀有（只有4-7個細胞），一般的WGA技術擴增后結果會有偏差。
需要根據應用的不同（不同的遺傳多態類型）選擇不同的WGA方法：
染色體拷貝數異常（CNA）檢測使用Picoplex/SurePlex方法（Rubicon Genomics公司）較好，這一方法的CNA檢測一致性較高，分辨率有3 MB。
注：SurePlex和PicoPLEX的技術是一樣的，都是Rubicon Genomics公司的同一技術。
Picoplex/SurePlex法PGD流程
使用PicoPlex/SurePlex WGA試劑盒擴增細胞。
擴增DNA超聲波剪切到200bp。
Illumina測序文庫制備。
Illumina NextSeq500測序儀測序。
結果
4-6個囊胚細胞得到CNV數據，zui高達3Mb。
產品
單細胞全基因組擴增試劑
PicoPLEX® WGA Kit單細胞全基因組擴增試劑盒
PicoPLEX WGA Kit被IVF行業供應商如BlueGnome信賴并用于胚胎植入前遺傳學篩查和診斷(PGS/PGD)。
英文名稱：Rubicon PicoPLEX WGA Kit
中文名稱：單細胞全基因組擴增試劑盒
品牌：Rubicon Genomics
貨號：R30050或RB3050（TAKARA版）
用途：卵裂球和滋養外胚層細胞的植入前基因篩查（PGS）和需要單細胞擴增的循環腫瘤細胞（CTC）中的CNV檢測。
從單細胞中擴增DNA構建高重復性的文庫現在成為可能！PicoPLEX WGA kit采用技術，設計、優化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。便捷的單管操作流程減少了手動操作的失誤，縮短了獲得結果的時間并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同樣也可用于6 pg至50 pg的純化gDNA，并兼容微陣列比較基因組雜交（array CGH）分析及PCR。
DNA超聲波打斷管
Covaris DNA打斷管 貨號：520045
Illumina測序文庫制備試劑
NEBNext Ultra II kit
Illumina NextSeq500上機測序試劑
華雅旗下紅榮微再主營醫療核酸保存文庫擴增等產品，授權代理(上海）Rubicon Genomics單細胞文庫擴增試劑。
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